Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

Mad'Max, большое спасибо за новости! как всегда интересно читать!
а мне не понятно, раз эти оба МДМ тормозят/блокируют Р53, то зачем их выключать отдельно друг от друга? выключить их оба, тем более что и лекарства уже есть. и значит что человечество уже может лечить рак? иль там какие то мелочи?

Leonator
Да забыл дописать про кредиты. А какие собственно коэффициенты("стоимосити" моделей) использовать? Их же фиксированных нет т.к. все белки сильно разные(и процессорное время затрачиваемой на 1 модель так же в разы отличается даже при неизменном алгоритме), так что они вычисляются динамически на основе статистики по кол-ву сданных моделей и Claimed credit от всех предыдущих участников считавших этот же белок. Так что кроме замены одного умножения, на 2 перемножения и сложение придется и структуру базы данных править и скрипт валидатора, чтобы собирать стистику по "малым" и "большим" моделям раздельно (чтобы потом определить отдельные "цены" для них для использования в расчете Granted кредит для конкретного сданного WU).

Продолжение про рак.
Итересная часть, пока переводил узнал кое-что новое для себя о работе ДНК.
Как известно цепочка ДНК человека очень длинная - порядка 6 миллиардов "звеньев". И чтобы содержать ее в порядке - чтобы цепочка не "запутывалась" и не "завязывалась в узлы" (в распрямленном виде ДНК просто физически не поместится внутри клетки - ее полная длина до 2 метров) неиспользуемые в данный момент участки ДНК как бы "наматываются" на своего рода "катушки" - Гистоны.
2й не всем изветный факт состоит в том, что на самом деле в нашей огромной ДНК по факту активно работает только совсем небольшая ее часть - всего около 2-3%. Остальные ~98% часто называют "генетическим мусором", т.к. считается что никаких функций он не несет - это все последствия бурной эволюции шедшей миллионы лет путем случайных мутаций + естественного отбора - неполные обывки белков, гены кодирующие белки, которые больше не нужны и неиспользуются организмом (но использовались одним из его предков), "испорченные" гены (кот. были повреждены во время мутаций и перестали работать, но не были отбракованы эволюцей, т.к. никакого вреда они тоже не приносят), остатки вирусов внедрявшихся в ДНК, многократно повторяющиеся участки (возникшие из-за ошибок при копировании ДНК) и т.д. Хотя среди всего этого мусора встречаются и просто очень редко используемые участки, из-за чего их активность и функции еще просто не были выявлены.
Так вот из-за такого обильного количества неиспользуемого "мусора" набираются целые "катушки" в которых неиспользуется ни один фрагмент и организм помечает такие "катушки" целиком как неиспользуемые(в результате они никогда "не разматываются" и не участвуют в синтезе белков). За эту работу отвечают в частности белки
http://en.wikipedia.org/wiki/EED
http://en.wikipedia.org/wiki/EZH2
http://en.wikipedia.org/wiki/SUZ12
http://en.wikipedia.org/wiki/PRC2
http://en.wikipedia.org/wiki/Polycomb-group_proteins

Часть разновидностей рака связана с работой этих белков, когда из-за подавления их синтеза (или наоборот избыточного синтеза) нарушается работа этих "меток" в результате либо катушки с генетическим мусором (с не нужными или поврежденными генами) начинают работать и массово производить ненужные/поврежденные белки на основе этого мусора либо наоборот "рабочие" участки помечаются как неактивные в результате блокируется синтез нужных для работы клетки белков.
Сами эти процессы еще толком не изучены, поэтому прежде чем думать о разработке каких-то лекарств нужно изучить как все это работает. Запущенный недавно в рамках R@H подпроект направлен опять таки на селективную работу с этими "управляющими" белками. Первая большая серия заданий (2 миллиона жаб!) в рамках проекта ставит целью найти белки, которые блокировали бы взаимодействие между EED и EZH2 (нужен искуственный аналог EZH2, которые "занимал" бы место на поверности EED быстрее и эффективнее чем природный EZH2 не давая тем самым ему присоединиться).
По проекту уже просчитан почти 1 млрд "моделей" (вариантов докинга), который дал на выходе 54 модельки отобранных атоматическим алгоритмами перспективных для "ручной" проверки, из которых возможно физически синтезировать оказалось 14, проверка синтезированных белков "в пробирке" подтвердила свойства (способность заменять EZH2) у 8ми из них, но только 1 из 8 оказался "сильнее" чем природный EZH2(т.е. способен его вытеснять). Он сейчас будет оправлен на расширенное тестирования в лабораториях других институтов (помимо лабы Бейкера).
А в R@H тем временем запускается еще порции заданий:
1. для поиска других кандидатов (если этот единственный подходящий белок на практике при проверке не просто "в пробирке", а на живых организмах не подойдет)
2. для "мутации" этого наиболее удачного кандидата (т.е. попытаться его "улучшить" делая точечные замены аминокислот и проверяя как это влияет на его способность связываться с целевым регионом EED).

Mad'Max
Спасибо за пересказ!А по скорости я на самом деле не так уж и переживаю, замена i7-970 на что-то восьмиядерное из семейства Ivy-E будет ломом, против которого нет приема, только не будет их еще три квартала этого года, а Xeon на Sandy-E не вызывает желания бежать за ним в лабаз.

Я думаю, что не один жду официальную позицию капитана ([kane]Enforce) по вопросу месячника в Розетте. Пора бы этот вопрос публично решить (февраль уже на носу).

perest
Ну да, небольшие "мелочи" есть. Состоят в том, что МDM белки это не какие-то инородные "враги" организма от которых нужно просто избавиться, а часть нормальной системы регуляции его работы.
Если их вообще все полностью убрать, то p53 в отсутствии "тормозов" так разойдется, что массовым "самоубийством" начнут заниматься здоровые клетки (получим процесс неуправляемого массового некроза тканей, возможно наркоты сидящие на "крокодиле" и начинающие через какое-то время прямо живьем гнить с подобным нарушением как раз сталкиваются...).
Цель подобных работ и состоит в том чтобы выяснять особенности взаимодействия и эффективные диапазоны концентраций приводящих к разным действиям:
в нормальной полностью здоровой клетке p53 "спит" (подавлен, в т.ч. действием MDM), при повреждениях ДНК изначально он активируется и запускаются процессы репарации ДНК, дальше если повреждения настолько сильные, что исправить их уже нельзя (или в некоторых других случаях, когда продолжение жизни клетки нежелательно по другим причинам не связанным с ошибками в ДНК) p53 участвует в запуске программы "самоубийства".
В том числе ученых интересуют различия между MDM2 и MDM4 - пока это не удается выяснить, т.к. во всех естественных процессах они участвуют вместе. А вдруг заблокировов работу MDM4, но оставив mdm2 (или наоборот) можно добиться того, чтобы раковые клетки самоуничтожались, но без массового запуска такого же процесса в здоровых? А может оказаться, что это просто белки-дублеры, как уже не раз выяснялось в других исследованиях, когда 2 разных белка выполняют совершенно одинаковую фукцию и в отсутствии одного, 2й его полностью замещает. Чтобы это выяснить нужно найти способ наблюдать за их работой изолированно друг от друга.

Bailiff8
Так а капитан вообще в курсе? Кто-нибудь писал ему? А то может в эту тему и не заглядывал последнюю неделю.
Если никто не писал, я сегодня ближе к ночи предложение через ЛС внесу как член совета.

А пока еще одна (последняя) часть про рак в процессе перевода...

Mad'Max, большое спасибо, теперь врубился да, интересно всё это... будем надеяться что польза какая то будет, и человеки получат какие то новые знания
в месячнике было бы не плохо задействовать командный сервер, надо попросить капитана зарегать логин для сервака в розетте - обсудите эти моменты, когда будешь писать ему?

Mad'Max
Спасибо за такое подробное описание! Очень заинтересовало. Возможно, со временем основной (профильный) проц переключу на Розетту. Конечно, хотелось бы задействовать что-то дополнительно, но нет возможности. И в фолдинге не хочется на одних видеокартах оставаться - они считают Альцгеймера, который меня волнует куда меньше, чем рак.

Mad'Max спасибо за перевод, очень познавательно. Аж жуть берет, сколько всякой фигни происходит в наших тушках.

Господа, с 1 по 7 на BOINCStats будет забег в Розетте. Присоединяйтесь.

Ну и последняя часть, поехали.

4й проект идущий сейчас в R@H по раку связан с исследованием способности клеток двигаться("ползать"). Имеется ввиду не как часть органа или при помощи обычных мышц, а самостоятельное движение индивидуальных клеток (подобно тому, как двигаются одноклеточные бактерии). Двигаются клетки за счет управляемой деформации своего "скелета"( цитоскелета). Наиболее активен этот процесс при эмбриональном развитии человека (хотя не только человека конечно - всех сложных организмов), когда стволовые клетки дифференцируются в "рабочие" клетки того или иного органа и им нужно занять правильное место для формирования тканей и органов, то они "ползут" по заложенной в них программе (часть ДНК) пока не займут положенное им в организме место. Но встречается он и у взрослых особей - например, при регенерации тканей после тяжелых повреждений (глубокие порезы, переломы, разрывы и т.д.)
Один из ключевых белков регулирующих этот процесс это RhoA (английская вики: http://en.wikipedia.org/wiki/RhoA) который управляет работой Микрофиламентов (своего рода внутриклеточные микромышцы из способных сокращаться белков) активируя и ускоряя их сокращения.
Он сам соответственно может включаться и выключаться по мере необходимости посредством двух других белков:
Dbs - который включает RhoA, когда клетке нужно куда-то "переползти"
RhoGAPs - который выключает RhoA, когда клетке никуда двигаться не нужно и тем самым сводит деятельность "клеточных мышц" до минимума (необходимого для процессов внутри клетки, а не ее движения, так что не до нуля)
Казалось бы причем тут рак?
А при том, что раковые клетки делятся (размножаются) очень быстро, к тому же во многих случаях в них поврежден механизм смерти от старости (работающий у здоровых клеток) и ограничитель на количество делений, то достаточно быстро место где появились первые раковые клетки (и не были вовремя уничтожены иммунной системой) оказывается переполнено раковыми клетками. В результате такого локального "перенаселения" часть раковых клеток активирует этот самый механизм клеточного "ползания" чтобы переместиться в более свободное место - за счет этого опухоль сначала растет сквозь орган в котором появилась, а потом (на поздних стадиях развития) дает метастазы в другие органы. После чего чисто хирургически опухоль уже вылечить становится невозможно (т.к. кроме основной опухоли в одном органе, уже есть множество микроскопических и пока невидимых во многих других местах) и кроме ее удаления еще понадобится химиотерапия или лучевая терапия (которые не слишком эффективны и наносят очень серьезный вред всему организму) чтобы попытаться добить мелкие метастазы.
Ну и назад к нашим баранам белкам - чтобы запустить процесс "переползания" на новое место раковая клетка
1. Либо увеличивает синтез непосредственно самого RhoA и/или Dbs(чтобы активировать уже имеющийся)
2. и/или уменьшает синтез RhoGAPs (чтобы он не мешал работе RhoA)

Тут в отличии от предыдущего случая метод "взять и запретить" (заблокировать работу RhoA) вполне имеет право на жизнь. Т.к. работа RhoA и "ползание" клеток для взрослого организма по-идее не является критически важными. Поэтому можно попытаться его заблокировать остановив образование метастазов (или по крайней мере сильно замедлив его - т.к. "ползание" не единственный способ их образования). Проблема в том, что из-за сложности самого белка (RhoA - в частности его "гибкости") разработать лекарство эффективно блокирующее его работу пока не удалось, так что даже испытаний "на мышках" не было.
Так что цель этого проекта найти при помощи R@H протеин блокирующий активацию RhoA: он должен быть подобен Dbs в части "стыковочной площадки" с RhoA, но не вызывать его активации, т.е. занять (заблокировать) место и удерживать его (не давая пристыковаться Dbs).
Первая серия заданий в рамках этого проекта уже просчитана, получены 16 «перспективных» кандидатов. Но после синтеза в пробирке никто из них достаточной силы связывания с RhoA не проявил. Так что в скором времени будет запущена 2я волна заданий с несколько измененной стратегией поиска.

Mad'Max, спасибо за инфу.


Этого делать не будут, т.к. основное направление командного сервака - именно на многоядерных заданиях F@H, которые стали недоступны с 16.01.2012 для обладателей систем с менее чем 12 (?) ядер. Не помню все подробности.
Именно под эгидой отказа от части жаб в F@H и предлагалось проведение месячника в R@H.

ToEst писал(а):

которые стали недоступны с 16.01.2012 для обладателей систем с менее чем 12 (?) ядер.

16. Но они до сих пор доступны - "To give donors some advance warning, we are announcing this now, but the change will take place in 2 months: no earlier than on Monday January 16, 2012."

Добавлено спустя 47 секунд:
Mad'Max
Спасибо за информацию.

Да я так, мимо проходил, решил вас оповестить. Подумал, что будет веселее с участием одной из топовых команд.

Кстати, User of the day сегодня из TSC!

ну, кажется, вроде говорилось что его можно будет запрягать на разные месячники. а почему нет? розетте многоядерность - тоже хорошо. ну и испытать хоть, на что способен, интересно же и потом - розетта тоже довольно интересный проект, несправедливо его принижать, у него более человечное лицо, он дружелюбнее и открытее, не знаю, это заслуга бэйкерлаб или нашего комрада Mad'Max

Так капитану предложение написал, ждем решения.

Пока про оставшееся расскажу.
Еще серии заданий что сейчас идут (с CASP9 в имени WU) это "разбор полетов" с предыдущего CAPS (кто забыл не знает - это регулярно проводимый всемирный "чемпионат" среди научных команд на лучшее предсказание 3д структур белка за фиксированное время) на обновленных за последний год алгоритмах в рамках подготовки к грядущему CASP10 (предварительно начало в апреле планируется).
Так что чем последние несколько месяцев проект R@H занимался и будет еще заниматься ближайшие ~ полгода:
1. 4 описанных сегодня мной проектов по изучению рака
2. Подготовка (а потом участие) в CASP10
3. Небольшой поток заданий для продолжающиейся шлифовки алгоритмов по предсказанию структуры белка (работа по белкам с уже известной стуктурой)
4. Небольшие квоты выделяемые на расчет заданий аспирантов/студентов проходящих стажировку в лабе Бейкера для их кандидатских/дипломных работ.

Уф. На сегодня вроде все, обо всем интересном написал.

Добавлено спустя 11 минут 32 секунды:
perest
Конечно нескромно, но думаю больше моя. Никто просто аналогичным по F@H не занимается(несмотря на то, что активных участников там больше) и для тех кто не копается в дебрях научных публикаций на аглийском кажется что в F@H ничего интересного не происходит кроме танцев вокруг разных жаб и оптимизаций расчетов (про которые как раз пишется много).
А так R@H доктора тоже не любители с кранчерам общаться. Сейчас вот например большую порцию инфы с "человеческим" описанием того, над чем они работают выдали только после того, как кранчеры толпой(я тоже поучаствовал) "наехали" на них за то, что уже пару месяцев ничего не пишут и держат нас в неведении. И что надо бы рассказывать о происходящем регулярнее. См. например: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... hp?id=5885
А оригиналы сообщений на основании которых я писал свои рассказы по проектам связанным с раком были тут(тема очень длинная, см. сообщения за январь 2012): http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... hp?id=4477

На самом деле и то, и то. В последние полгода имел возможность сравнить парочку проектов, и могу сказать, что Розетта - один из самых информативных. Ну и камрады вроде MadMax'a это тоже большая редкость, за что ему огромный респект.
Только вы бы завели отдельную тем про "Науку в R@H", а то неудобно искать в куче флуда полезную информацию. Или вообще отдельный раздел со статьями на сайте, если есть такая возможность. А то столько трудов пропадает.

> Только вы бы завели отдельную тем про "Науку в R@H", а то неудобно искать в куче флуда полезную информацию. Или вообще отдельный раздел со статьями на сайте, если есть такая возможность. А то столько трудов пропадает.
Я уже предлагал, но никто не поддержал... Думаю, что было бы неплохо дублировать статьи в этой теме и в "научной".

Проголосовал за. Но есть несколько вопросов. Имеется 12C/24T + 12Гб памяти. Установлена Ubuntu x64. HT, наверно, надо отключать? Да и сможет кто-нить удалённо всё настроить?

Капитан дал добро. Собственно официальное объявление февраля месяцев Розетты: [R@H] Февраль 2012 объявлен месяцем проекта Rosetta@Home
Так же все члены группы TSC! Russia на форуме получат сообщение об этом через ЛС.
Участие командного сервера будет решаться советом команды, как решим напишем дополнительно.

Блин, я в фолдинге потупливаю, только разобрался с виртуалкой, а тут новый бубен предлагают