Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

Ну процессор приличный и время счета больше стандартных 3 часов выставлено, на одном из алгоритмов (упрощенное/предварительное моделирование) вполне может больше 1000 шт надавить.
В норме это к ошибкам приводить не должно - т.к. само ядро по достижении 1000 шт должно сворачивать расчеты по этой жабе и отправлять результаты.
Если в последних версиях минирозетты это конечно не поменяли.

Посмотреть можно в логе конкретной жабы.
Обычно в конце расчета такая табличка выводится:

Вот тут 71 моделька.
Так же бывает промежуточные результаты пишутся типа:
.................
Starting work on structure: _00067
Starting work on structure: _00068
Starting work on structure: _00069
.................

Вот на основе этих данных и видно допустим в этой жабе: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/resul ... =481758135
Что сначала ядро посчитало 11 моделей, во время расчета 12й произошел перезапуск(зависание/ресет и т.д.) по какой-то причине. После возобновления счета ядро потеряло первые 11(12) и насчитало еще 71 шт.
В финальный отчет пошло только 71 шт.

А вот пример корректных перезапусков: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/resul ... =481954907
Было посчитано 37 шт, перезапуск, расчет продолжается с середины 37й модели, посчитано еще 21 модель, еще один перезапуск, расчет продолжается с середины 59й модели, посчитано еще 2 шт. И в результате как положено сдано все 61 штука.

Добавлено спустя 20 минут 28 секунд:

Попробуй вот этот лимит на 3 Гб поставить побольше. Т.к. насколько я знаю в первую очередь применяется он, а потом уже "оставлять не менее". Т.е. использовать до 3 Гб при условии, что на диске еще остается свободным не менее 10 Гб.



Это нормально. Если посмотреть в логи заданий то у всех завершившихся "досрочно" видно, что посчитано по 99 моделей.
Это такой лимит - не более 100 шт моделей на 1 жабу для стандартных алгоритмов и не более 10000 моделей на жабу для упрощенного алгоритма.

Добавлено спустя 12 минут 15 секунд:
Упс. Лимит то для упрощенных алгоритмов это 10000 (10 тыс) моделек, а не 1000. Так что на 1000 счет и не должен был останавливаться, значит валидация завалена по какой-то другой причине была.

Agnitum Outpost SS зарубил minirosetta_graphics_3.20_windows_x86_64
Пишет, что обнаружен Adware.GabPath.Gen.4 Mutant
Весь день не давал считать

А1ех, то то я смотрю мы сегодня мало набрали как будто у кого то целый офис отвалился

Outpost он такой, да.
Хотя от блокировки графического модуля по-идее расчеты не должны останавливаться...
А вот расчетный модуль при каждом обновлении минирозетты он мне регулярно рубит.

а никто не в курсе куда anwjl пропал??? давно считает розетку.....у нас с ним даже гонки были одно время.....и смотрю с начала февраля выпал.....

Последнее посещение форума: 08.02.2012 23:39
актуальная на 10 Feb 2012 позиция в команде #48 anwjl
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_ ... rid=202795
последнее задание сдал 29 Jan 2012
куда-то запропастился, скорее всего дела, занят.

#77

Количество в "Results" по конкретному ПК было постоянным. Выставил время обсчёта - сутки. Постепенно стало уменьшаться. Господа розетчики, здесь все задания, полученные в прошедший десятидневный срок? Или нет?

Добавлено спустя 22 минуты 33 секунды:
Речь про тот, на котором 483. Если бы было, например, 150, мне было бы проще - удобнее проверять задания на стабильность железа.

noname2, старые записи о заданиях со временем удаляются. просто клиент не грузит задания, так как считает, что ему пока достаточно уже загруженого
или проверь, не нажата ли кнопка Не запрашивать задания/Получать новые задания, а вдруг?
добавлено:
если про тот, то сперва надо было бы запретить получение заданий, и выждать пока посчитает свой огромный кэш, а потом уже только выставлять сутки счёта, а то много заданий может не уложиться в дедлайн

Интересно по какому принципу ентот журнал хранится.
Посмотрел на твой X4-965 - первое задание от "30 Jan 2012". На X4-955 - от "19 Jan 2012". Перерывов ты не делал?

perest писал(а):

сперва надо было бы запретить получение заданий, и выждать пока посчитает свой огромный кэш, а потом уже только выставлять сутки счёта

Само-собой. Я же не враг себе докторам.

965-й как-раз делал перерыв на праздники, а 955-й пахал без перерывов получается что чуть меньше месяца хранится там

Очень странно считается статистика на www.boincsynergy.com. Еще когда только вошел в проект, заметил, что сумма дневных сливов (а они у меня тогда все умещались на одной строчке) не совпадает с итоговой, причем значительно - процентов на 25. Вот и сейчас смотрю - за выходные мои сливы составили всего 2700-2800 очков, пр этом я на профильном компе считал эти 2 дня исключительно Розетту. Время на счет у меня установлено 6 часов. За сутки должны слиться 32 задания (8 потоков х 4 слива в сутки). В среднем один слив приносит порядка 110 очков. Итого профильный и7 должен давать минимум 32х110 = 3500 очков. Да еще Атом дает порядка 350 очков. Да так и начисляли иногда, в самом начале счета - по 4К в день. И по общей сумме в выходные так примерно и рос. А в статистике висит непонятно что. К примеру, начисленные мне 2800 за 12 февраля висят у меня еще со обеда 12-го числа. http://www.boincsynergy.com/stats/boinc-stats.php?id=441506&project=rah А с обеда до полуночи сколько еще воды утеклозаданий было сдано, но сумма очков не выросла!

Небольшое обновление по научной части проекта.

Вышла очередная статья в научном журнале. (http://www.nature.com/nbt/journal/v30/n ... .2109.html)
В ней описывается подход при создании энзима (= фермента, = катализатор определенных биохимических реакций) сочетающий автоматизированные алгоритмы с ипользование распределенных вычислений (Rosetta@Home) и волонтерского краудсорсинга ("игра" FoldIt).
Изначально разработку подходщящей модели проводили в Розетте, 1 подходящий кандидат был найден, но на практике его свойства оказались очень слабыми.
Дальнейшего улучшения с использованием R@H добиться не получалось. Тогда эта модель была загружена как стартовое состояние в FoldIt с предложением участникам попытаться ее улучшить (увеличить эффективность сцепления с целевой молекулой путем внесения измениний в структуру). В результате "игроки" нашли несколько решений с очень значительной переделкой белка, увеличившей его свойства.
После чего эти переделанные людьми модели были отправлены обратно в R@H где после "полировки"(мелкой оптимизации) получилась конечная модель, в 18-20 раз более эффективная чем была изначально.
Вот такое успешное комбинирование человеческой интуиции / творческого подхода и комьютерной вычислительной мощи.

P.S.
Сам энзим(фермент) достаточно универсальный и может использоваться для ускорения множества разных биохимических реакций. Одно из перспективных его применений - при производстве биотоплива из "нетрадиционного" сырья. Главная проблема с биотопливом, что все сущесвующие сейчас технологии его производва используют качественное сельскохозяйственное сырье(пшеницу, кукурузу, сахарный тростник и т.д.), которое может использоваться в пищу (напрямую или как корм в животноводстве) или занимает много сельхоз земли для его выращивания. В результате маштабное производсто биотоплива = меньше еды для людей и рост цен на продукты питания.
Сейчас многие ученые и лаборатории заняты разработкой технологий 2го поколения, которые позволи бы эффективно производить биотопливо из различных органических отходов (типа соломы, опилок / щепок от деревообработки, опавшей листвы и т.д.). Такие ферменты одно из основных составляющих подобных технологий (без них реакции возможны только в нестандартных условиях, типа сильного нагрева, что требует много энергии, либо предварительной обработки сильными хим.реактивами типа серной кислоты).

Добавлено спустя 20 минут 7 секунд:
Да, еще добавка.
Воодушевишись успехом с этим энзимом сейчас будут пробовать ту же методику с ингибиторами вируса гриппа.
Там была примерно такая же проблема. Благодаря R@H были успешно найдены белки, которые связывались и тем самым подавляли вирус гриппа.
Но последовавшие затем практические исследования в других лабораториях выявили, что их эффективность недостаточно высока, чтобы их можно было использовать в качестве лекарств.
Сейчас полученные тогда модели будут загружены в качестве стартовых моделей в FoldIt. Посмотрим смогут ли "игроки" и в этот раз найти возможности повысить эффективность, которые были упущены при автоматизированном моделировании в R@H.

Mad'Max
хорошая новость!
Прям стимул еще больший)

Вышла новая версия минирозетты - 3.22. Изменения в научной части (улучшено моделирование по гомологам - т.е. использования частей белков с уже известной структурой в качестве "шаблонов" при определении белков с еще неизвестной структурой).
Как всегда при обновлении по научной части первое время возможно появление повышенного кол-ва жаб с ошибками (или например потребляющих ненормально большие объемы памяти). До тех пор пока не выйдет след. версия (уже bug-fix).

Да у кого некоторые задания сейчас не заливаются на сервер - похоже один из upload серверов розетты глючит.
С этим пока ничего не далаем, просто ждем пока починят (сообщения о сбое на оф. форуме уже есть).

Да, есть такое. Из-за этого не могу ввести в строй еще 1 ПК (Core i7 2600S)

Уважаемые коллеги. Есть небольшая проблема. При работе боинка моего главного счетовода стал отчётливо слышен треск винта, что делает невозможной его работу по ночам.
Настройки:
Write to disk at most every - 600 seconds / локально Tasks checkpoint to disk at most every - 1800 секунд.
On multiprocessors, use at most - 24 processors
Use at most - 100 percent of CPU time
Use at most - 75% of page file (swap space) (но сам swap равен 0)
На диске боинком занято 4,46Гб, свободно для него 5,54.
Считает не в полную силу. Оперативной свободно 960Мб.

Чего поделать можно?

hvvt поставить SSD под систему, а жёсткий оставить только для данных объёмистых. Лучшего средства в винде нет.
А так - последи монитором, что грузит жёсткий диск, но по опыту - в основном это делает сама ОС, ничего ты с этим не поделаешь. Помимо основного свопа там есть ещё что-то свопоподобное, забыл точно, что отключить будет невозможно.

hvvt
А если поставить "Период сохранения на диск промежуточных результатов задания = 3000" и выставить время счёта задания (чтобы не отправлял/принимал постоянно) в максимальное "1 day"? У меня так. Настройки, кстати, применяются не сразу (по крайней мере у меня), обычно недостаточно просто нажать "обновить". Нужно некоторое время. И файл подкачки, как я понял, в самой ОСи отключен?

1. Можно, конечно, и серверную арендовать. Там и охлаждаться хорошо будет. Не хотел обидеть/оскорбить, но это совершенно не вариант.
2. У меня Ubuntu и фолдинг абсолютно тихо работает. (про винду полностью согласен. Крутил фолдинг 1,5 года на ней и винт частенько слышал)
noname2
Время счёта 12 часов. Период сохранения 30 минут. Если 30 минут разделить на 24 потока получаем период 1,25 мин, а не ширх-ширх раз в 5 секунд.Да, создан нулевым.

#77
Господа, такое может быть?
Производительность падает сверху вниз
Изначальное время просчета у всех одинаковое ( которое пишется до того как задание начало считаться)