Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

hvvt
Ты же вроде вин7 ставил из-за неработающих потоков? Снова бубунту воткнул?

Vit222 все нормально. Просто стоит сортировка по проценту выполнения задания. Нет абсолютно идентичных заданий, нормальная ситуация, если какие-то задания считаются быстрее или медленнее. Одни задания укладываются в 3 часа ровно, дургие в 2 ч 48 мин, могут и чуть больше считаться.

DayWalker
Фух, спасибо) Щас все наоборот, 4ое задание считается быстрее))
Просто тут маленький разгон делал и в прайме 4ое ядро считало медленнее, а потом и в розетте такое совпадение, думал мало ли что не так

Также это может быть от того, что винда сама по себе может периодически "подгружать" одно ядро. То у не "свопнется" что-то, то "взгруснется". То антивирус обновлялку затеит, то Windows Update и т.п. и т.д.
В этом случае один (а то и более) из расчетных потоков начинает отставатью

Vit222
К сказанному выше ToEst хочу добавить, что одновременно считаются задания разных проектов. Соответственно даже при выставлении счета на 3 часа (по-умолчанию) какая-то задача может считаться 2:58, а потом решить, что с неё достаточно, а какая-то 3:05.

Мелко берёшь. Вместо 24-х часов 19-ть. Недавно и вовсе 9 видел. До дедлайнов далеко, очередь заданий всего на двое суток.

http://savepic.net/2441962.jpg

Если при таких настройках (писать чекпоинты раз в 1800 сек) то похоже это своп.
Малое кол-во памяти говорит тоже в пользу этого.
Раз говоришь что в ОСи своп вообще отключен, значит возможно свопится сама Розетта. Она похоже это тоже умеет. Про это нигде не написано, но я наблюдал такое на практике - когда начинаешь занимать оперативку чем-то другим при работающих процессах минирозетты(запускаешь что-то ресурсоемкое паралельно BOINC) то в диспетчере задач видно что объем занимаемой ими памяти начинает уменьшаться при этом активно работает диск. Бывает неплохо ужимается, типа с 450 Мб до 250 Мб
Правда не уверен на 100% что это сама Розетта делает, может быть и ОС в своп выгружает (а в Розетте только отмечены области, которые разрешено временно выгружать).

Как пробовать бороться - освободить больше памяти снизив кол-во потоков. Если 1-2 потока хватит, чтобы диск успокоился то на этом и остановиться, если не хватит тогда отлючить HT (это должно быть "выгодней" всмысле потери скорости чем отключение большоего кол-ва потоков).
Еще общая рекомендация - провести дефрагментацию дискового раздела где BOINC стоит. Под ним фрагментация файловой системы быстро растет (из-за постоянной запаковки/распаковки кучи разных файлы, скачивания/удаления заданий, на каждую жабу там до сотни файлов создается а потом удаляется либо модифицируется/дописывается, а при 24 потоках и 12 target time это и счете 24/7 это по 50-70 раз в сутки происходит).
У меня сейчас когда очередное ядро розетты запускается винт трещит секунд 30-50 прежде чем процесс начнет ядро на 100% грузить.

Добавлено спустя 30 минут 58 секунд:
2 ALL
Насчет времени счета. Я же уже вроде подробно расписывал из-за чего все вариации.
Небольшие отклонения от целевого времени (в обе стороны) - это норма. Т.к. расчет останавливается ТОЛЬКО по окончании счета очередной "модели". Оценка "уже пора заканчивать или продолжаем считать следующую?" производится только между моделями. Так что идельное попадание 1в1 это наоборот исключение, а норма это небольшие отклонения в обе стороны.
Если жаба заканчивает считаться намного раньше положенного срока, но при этом без ошибок (в основном это встречается если целевое время намного больше дефолтных 3 часов ставить или на очень быстрых машинах, точнее очень быстрых процессорных ядрах, т.к. значение имеет скорость отдельного ядра, а не их кол-во) - это скорее всего сработал лимит на кол-во моделей (100 или 10 000 шт) после которого идет принудительная сдача результатов.
Если жаба считается намного больше целевого времени - скорее всего вам попалась глючная жаба. Если это именно глюк с бесконечным зацикливанием (а не просто сложная модель считается, на которую нужно больше ресурсов), то она должна самоликвидироваться через 4 часа после превышения целевого времени. Т.е. 3+4=7 часов счета при настройках по умолчанию, или 12+4=16 часов счета (при целевом времени 12ч).
Если через +4 часа жаба не самоликвидировась - поздравляю, вам попалась очень глючная жаба. И ее нужно прибить вручную, чтоб не мучалась.

P.S.
Все указанные значения времени относятся к чистому процессорному времени (CPU time), а не к календарному (определяемому по часам, Elapsed time в BOINC). Elapsed time может еще больше гулять (в сторону увеличения) если у розетки во время счета кто-то ресурсы отбирал (ОС что-то делала или другой софт работающий паралельно с BOINC)

Добавлено спустя 9 минут 53 секунды:
К вопросу от фрагментации. Запустил анализ диска, больше половины списка наиболее фрагментированных файлов на диски заняли файлы Розетты (большую часть остальных это файлы почтовой программы, что тоже понятно, я их из списка удалил).


Это всего 2 ядра(потока) за неск. месяцев такое безобразие устроили. Особо см. 1е 2 файла - это основная база данных розетты, обращения к ним идет в любой(каждой) жабе.

А у меня Розетта на ссд стоит

Что-то статистика на stats.free-dc.org резко скаканула
#77

Leonator чего же теперь не пользоваться им?

Да, это у всех. Видать из-за тормозов у докторов очки не все принимались, а вот вчера видать дообработали, поэтому и всплеск.

А минирозетка 3.21 не выходила или я что-то пропустил?
stats.free-dc.org сам вчера лежал, отсюда, наверное, и скакнуло

У меня подобная картина на Атоме (профильная интернет-качалка №2). Считаю в 4 потока при 2 гб оперативки. Если закачиваю из инета что-то медленно, 50-200 кБ/с, то все нормально. Если начинаю качать с шустрого обменника, и скорость измеряется мегабайтами в секунду, то розетта вылетает вообще, расчетные ядра сворачиваются, нагрузка на проц падает до 0-5% (сколько качалка потребляет), диск ужасно трещит - видимо, розетта пытается заново загрузиться, но у нее это не получается. Скорость закачки падает из-за тормозов диска (он у меня какой-то тормозной, хотя одноблинный, и в PIO не упал). При этом память качалка не ест - после вылета розетты остается свободным больше 1 гига. Аналогичное наблюдаю, когда скачиваю с этого компа что-либо на скоростях уже в десятки МБ/с. Поставил для пробы дополнительные 2 гига памяти (из машинки №3) - всё! Розетта не вылетает и стабильно считает параллельно с шустрой закачкой или сливом. Так что, либо буду делать одновременно что-то одно - качать или считать, или найду еще одну планку низкопрофильной памяти (другая туда не лезет). Жаба конечно душит тратить деньги на такой комп ради розетты, но хочется, чтобы все работало параллельно.

Что-то после обновления минирозетты до 3.22 все задания CASP9_... (уже 6 штук) завершаются с ошибкой Compute Error на разных процентах выполнения. Одно из них кто-то нормально сдал, по остальным пока инфы нет. Другие задания вроде нормально считаются.

wraith_01, всё в порядке вещей, Mad'Max об этом предупреждал(второй абзац).

Я думал, ее надо вручную обновлять, сейчас смотрю - на Атоме Д510 2 потока считаются версией 3.20, 2 потока - версией 3.22. Это как так может быть?

Вполне.

Поставил портейбл клиент на профильный комп, предварительно выгрузив из памяти все, что касается стационарного клиента. Он загрузил CASP9_ae_benchmark_hybridization_run06_T0526_SAVE_ALL_OUT_IGNORE_THE_REST_39439_1069_0 - всего одно задание и начал считать его на одном ядре. Что за ерунда? Я хотел, чтобы он накачал заданий, а не тест прогонял на одном ядре. У меня проц должен 3 часа бездействовать? В свойствах на сайте боинка - и7. почему загружен 1 поток?

Это не тест, а задания такие, у меня их треть в очереди на расчет висит. (: Посмотри в настройках, может там надо указать число CPU и процент их использования?

Обычно попозже подгружаются остальные задания (~5..20 минут). Такое ощущение, что boinc "пробует на зуб" железку, на которую его установили, и только после некоторого успешного времени работы - начинает скачивать остальные задания.
Я по началу тоже удивлялся такому.