Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

Еще 7 дней до второго места

Я правильно понимаю, что Розетта - один из самых лучших и масштабных проектов по вычислению структуры белка? То есть можно более-менее гарантировать, что там всё нормально организовано и результаты вычислений обрабатывают знающие люди, а не два нанятых таджика?

Bailiff8
Официально - не менялись.
Неофициально (из личных наблюдений) - да изменились, причем в обе стороны.
Некоторые серии заданий пошли наоборот с низким потреблением памяти по 80-150 Мб всего.
Другие серии с повышенным - по 450-600 Мб (а всего выделенной, включая виртуалку иногда за 1000 Мб переваливается).
Когда они вперемешку идут разницы не заметно, т.к. одно другое компенсирует, а вот если на все ядра одновременно жирная серия попадется, тогда с памятью напряг получается.

Добавлено спустя 9 минут 4 секунды:
Bbs12
Так и есть. По некоторым позициям - лидирующий. А если учитывать не только волонтерские распределенные вычисления (собственно сам проект Rosetta@Home), а и выделенные расчетные сервера(robetta) и использование разрабатываемых алогоритмов rosetta в другие проектах РВ и коммерческими фирмами (которые покупают лицензии и проводят нужные им расчеты на собственных выч. мощностях) то возможно и №1 в мире по стуктуре белка.

Ну, значит скоро к розетте подключится i-7 3930к, как только он ко мне приедет.

Итак, в продолжение истории про вычисления на маках. Я спросил – решили ли они эту проблему.
Коротко – нет и в ближайшем обозримом будущем вряд ли. Транслирую:

Вопрос:

> "It looks like the performance of the Rosetta@home application dropped on Macs (we believe all Macs) with 3.24. We're aware of the issue and looking into ways of remedying it."

This is already fixed?

Ответ:

Unfortunately, it probably isn't going to get resolved in the foreseeable future. The problem is there's a complex interaction between the Rosetta@home code base and a compiler bug which means that trying to compile with full optimizations just doesn't work (the compiler gets stuck in an infinite loop). While the bug has been fixed in the latest versions of the compiler, using them means that we lose compatibility with all but the most recent MacOS versions.

We've been banging on this multiple ways, and have tried *numerous* settings on multiple machines (you name it, we've probably tried it), and haven't been able to come up with anything which simultaneously allows compiling with optimizations and support for the full range of MacOS versions currently being used. We've made the decision to provide a working, albeit slower, R@h to all Mac users, rather than forcing everyone to update to the latest OS version.

It sucks, but unfortunately it's the position we're stuck with for the foreseeable future.

P.S. Зато в фолдинге всё работает прекрасно.

DmGun
Я так понимаю, в ауте все классики и 9-я версия? Первые билды 10-х кошечек тоже? Просто мне казалось, маководы не отказывают себе в апдейтах MacOS, если они возможны.

Leonator
не знаю, что они имели ввиду под последними версиями (наверное, 10.5 - 10.7). Вообще, на мой взгляд, идиотское решение. С последними версиями системы решили, но так как не все будут довольны, – пусть у всех работает плохо. Какой смысл вообще считать с такими глюками заданий, да еще в придачу примерно в шесть раз менее продуктивно? Лучше бы не размазывали эту проблему на всех. ИМХО

Вышла новая версия минирозетты - 3.26.
Изменения в научной части - дальнейшая доработка протоколов сравнительного моделирования по гомологам.

Всем привет!
Долго отсутствовал, смотрю достигли больших успехов - вот-вот Вашингтон сделаем! Молодцы!

Новая научная публикация от лабы бейкера в журнале Nature chemical biology.
Статью скачать можно тут: http://depts.washington.edu/bakerpg/drupal/node/427

В этот раз по наравлению разработки энзимов (ферментов) с заданными свойствами.
При помощи Розетты был разработан энзим избирательно разлагающий Фосфорорганические соединения
К ним относятся некоторые ядовитые пестициды, а так же многие боевые отравляющие вещества (хим. оружие), например известные Зарин и газ VX.

Вышла новая версия Boinc 7.0.25, надо будет проверить ее на совместимость с драйверами AMD Catalyst x64.

Небольние выжимки из статьи (полностью переводить времени нет).
Синтез в пробирке и последующая кристаллография показала, что 3д стуктура практически идеально совпала с разработанной в R@H моделью (все за исключением 1 аминокислотного остатка).
Испытания проводились на изомере циклозарина(тоже один из нервно-паралитических газов) и искомые свойства (которые пытались "запрограммировать") подтвердились на практике.
Возможные применения - обеззараживание земель (после массированного применения пестицидом и инсектицидов либо аварий с разливами соотв. веществ) и лечение выживших при применении нервно-паралитических газов фосфорорганической группы.

Осбенность работы (и главное достижение), что в подобных разработках обычно для начала находится уже готовый (природный) энзим имеющий соответствующие свойства (но только очень слабые, недостаточные для практического применения), и путем внесения последовательных изменений ("мутаций") проводят его "эволюцию" с целью усилить нужные свойства до нужного (или максимально возможного) уровня.
Слабое место такого подхода - нужно найти такой базовый энзим, во многих случаях такой "базы" просто не существует.
В этой же работе разработка модели велась "с нуля" - базового энзима с нужными (пусть и слабыми) свойствами не было, была только задача - какие свойства нужно получить.
Полученный инзим показал приличную "производительность" в 10 000 молекул/секунду (1 молекула фермента помещенная в целевое вещество "обрабатывает" 10 тыс. целевых молекул в секунду), ускорение течения реакции (по сравнению с естественным распадом) - в 10 млн. раз.

Всего было разработано 12 "перспективных" моделей, которые были синтезированы в пробирке (путем генно-модифицированных бактерий).
Среднее количество мутаций(замен одной аминокислоты на другую) исходных белков-заготовоок от 5 до 15. 6 энзимов оказались либо нерастворимыми в воде(или по каким-то другим причинам синтез белка не происходил несмотря на экспрессию соотвествующего гена) и сразу отбраковались. Еще 6 испытывались на предмет нужных свойств из них и был обнаружен 1 энзим с заданными изначально свойствами. Причем выраженность свойств (см. выше про активность) достаточно сильная, чтобы не просто формально признать успех (и интерес с научной точки зрения), но и в принципе достаточна для практического применения. (результат помещен в открытую базу данных PDB, так что любой желающий при наличии соотв. технологий может брать модель и синтезировать и применять).

Хотя изначальная модель (созданная автоматически в R@H среди других 12) показывала относительно слабые свойства (4 молекулы/сек на 1 молекулу фермента). После чего уже доводили до ума 1 конкретную модель с участием человека (который направлял/подсказывал направление поиска - "управляемая эволюция") в результате были созданы следующие ее версии с возраставшей активностью
v0(изначальная модель созданная R@H без вмешательства человека, 8 мутаций/замен в исходном белке "заготовке") - 4 молекулы/сек
v1(v0+3 замены) - 154
v2(v1 + еще 3 замены в других точках) - 959
v3(v2+ 1 замена) ~ 10 000

Mad'Max,
Спасибо за перевод, интересная инфа! Очередное новое достижение R@H, здорово!

Пока работает... (Cat 12.3 оф.)

А Boinc инсталлирован как сервис?

ToEst
Да.

Тоже проапгрейдился с 7.0.8 до 7.0.25
Кто в первый раз 7.х версию ставит (с 6.х перешел) - учтите, что теперь настройки кэша заданий в 7.х версии по другому работают.
Теперь это не "подключаться раз в X дней" и "дополнительный буфер на Х дней", а
минимальный размер основного буфера и максимальный размер дополнительного буфера.
Реальный размер будет плавать в пределах от минимума до минимум+дополнительный.
В некоторых проектах (особенно где заданий на всех переодически не хватает) будет только минимум указанный заполняться. (например в POEMM с этим столкнулся, когда в кэш загружалось всего 1 GPU задание, хотя буфер был указан как 0+4 дня, пришлось переставить на 2+2 дня).

Mad'Max
Спасибо за перевод.

off: Случаем не знаешь, в F@H есть что-то похожее, более-менее имеющее практическую ценность? Найти б человека по F@H, который хотя бы изредка (может и за небольшое материальное вознаграждение) давал "выжимки". Это и новый приток участников (для многих не ясна цель, точнее совершенно не видны промежуточные результаты => _в_принципе_ нет стимула задействовать ПК) и развеет наступающую иногда скуку среди постоянных рядовых кранчеров.

Клиент Боинк предложил обновиться на 7-ю версию. Есть смысл в этом? На расчеты это не влияет, как понимаю. К интерфейсу с его особенностями уже привык...

Там фишка удобная появилась: можно указать список приложений, при запуске которых клиент будет вставать в паузу.
+ судя по

они наконец-то сделали работоспособным связку Catalyst x64 и Boinc в режиме службы.