Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

demagogen Курочка по зернышку клюет. И нортвуды и прескоты розетту считают, только на офисных машинках памяти не особо, тормозить будут да и БП в бюджетных машинках долго не живут при нагрузке. Плюс на бюджетных матерях конденсаторы тоже не особо живут. С другой стороны, в конторе до сих пор работает бывшая моя офисная машинка с 478 прескотом и моим домашним залманом 7000.

Успевать будут. Но выхлоп от них небольшой. И памяти надо нарастить до 1Гб-1.5Гб (для 1 и 2 потоков соответственно)

Вот например у меня такие пашут (P4 3000 HT):
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_ ... id=1514094
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_ ... id=1531674
Но это не 24/7, а скорее 5/5
В общем их одноядерный Sempron 145 обгоняет при том же графике работы
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_ ... id=1499864

Да, про память то я и не подумал. Ежели начнет тормозить и народ начнет бухтеть могут спалить)
Ради мелкого выхлопа рисковать не хочу.

Честно говоря, откровенные калькуляторы в Розетте уже бесполезны. Их надо пускать на проекты с мелкими заданиями, типа Spinhedge@Home, помогать России подняться в общеБоинке, если пристрелить нельзя, чтобы не мучились.

Нет, только ошибки и очепятки поправить (там их целая куча - времени тогда не хватило все перечитать и поправить), ну и ссылочку на источник проставить.

Хотя ошибки пожалуй я сам сейчас все исправлю...

Добавлено спустя 16 минут 20 секунд:
Готово, ошибки исправил, заодно сокращения где попадались под руку развернул.

Добавлено спустя 9 минут 11 секунд:

Проблема (хотя это не проблема, а так мелкая неприятность) в том, что слабая машинка даже 1 (одну) модель в заданное время не успеет обсчитать.
Что будет в этом случае делать расчетный модуль? А продолжит считать до победного конца эту модель наплевав на заданное время, так что результат (научный) не пострадает. Но вот планировщику BOINC башню может снести из-за того, что время счета заданий начнет сильно прыгать туда-сюда.
Я кстати на это уже попал - пошли как раз такие задания, считалось по 2 модельки, но по 4-5 часов (вместо заданных 3), в результате чего BOINC решил что не успеет вешь кэш заданий просчитать до деадлайна(т.к. наполнил он его исходя из длинны одного задания = 3 часам, а они вдруг стали 4.5 часовыми), врубил High priority для всех заданий и начал метаться между ними. Пришлось пяток "лишних" заданий пристрелить, чтобы успокоился.

Добавлено спустя 8 минут 49 секунд:
Salmonella
Альцгеймером Розетта вроде и не занималась никогда, насколько я их публикации и сообщения на форумах изучал.
По альцгеймеру это Фолдинг специализируется.
Т.к. насколько я понимаю проблему (поверхностно правда) с альцгеймером суть (по крайней по текущей, считающейся основной версии) в неправильном сворачивании правильных белков. Т.е. аминокислотная последовательность правильная, а вот пространственная структура получается испорченной из-за каких-то сбоев в процессе сворачивания. Потом эти испорченные белки постепенно накапливаются и начинают нарушать работу мозга.
А Розетта не изучает (и не может) сам процесс сворачивания - она пытается прыгнуть сразу к конечному результату. Детальным моделированием процесса сворачивания и изучением, что на него влияет занимается Фолдинг.

Добавлено спустя 2 минуты 46 секунд:

А что нужно оформить/переделать (ну кроме как исправить ошибки и сленг убрать)?

Добавлено спустя 19 минут 41 секунду:

Нет, обычная установка (не службой) тоже должна так же работать - можно выключить GUI полностью, а ядро и расчетные модули продолжат считать. (только что еще раз проверил на своем - boinсmgr.exe выключается, boinc.exe и розетки остаются считать)
Единственное только галочку поставить и все должно работать.

Добавлено спустя 11 минут 36 секунд:

Особого риска нет.
Конкретно эта зверюшка (которую создали в переведенной мной статье) точно не сожрет, т.к. ее научили переваривать альгинаты (которых много в бурых водорослях), а в древесина (как и у большинства высших растений) в качестве "строительного материала" исользуется другой полисахарад - целлюлоза. Целлюлозу эта бакрерия "переваривать" не в состоянии. За водоросли в море тоже можно не боятся - они растут в соленой воде, а бактерия эта в ней жить не может.
Момент когда удастся создать бактерии способные перерабатывать с аналогичной эффективностью целлюлозу вы точно не пропустите - это будет во всех СМИ, как один из крупнейших научных прорывов (а так же серьезное влияние на экономику и даже политику).

В связи с проведением командой SETI.Germany Третьего Боинк Пентатлона
#77
значительно выросли дневные сливы команд:
#77
Так как Розетта - первый этап, то безусловно команды запасли определённый кеш заданий, посмотрим как будут развиваться события в дальнейшем.

Кстати, в Розетте с начала мая активно проводится расчет CASP10. И по этому поводу вот тут
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... hp?id=5963
доктора особо просили уменьшить время оборота заданий до не более чем 1-2 дней.

Надо будет точнее глянуть, но у меня была вот какая проблема: boinc установлен не как служба. И я не смог добиться того, чтобы и счет осуществлялся, и иконки в трее не было.

Еще бы планировщик работал корректно... Менял время счета на портейбл-клиенте (поднимал с 2 часов до 12, причем на 2 часа он сбился самостоятельно однажды, возле компа никого не было, и категорию сменил) и категорию машин, к которой относится этот конкретный клиент, для контроля даже прекратил фолдинг и прогнал на ночь счет. При этом заданий он закачал всего 8 (по числу потоков). Думал, все нормально сменилось. Утром выяснилось, что время счета возросло с 2 до 12 ч., а вот планировщик закачал заданий как для 2-часового счета, под две сотни... И это несмотря на то, что перед закачкой этих заданий (когда еще только начали считаться первые 8), я неоднократно устанавливал связь с сервером, приостанавливал и заново запускал проект. А если учесть, что фактически это все закачивалось для 2-ядерной машинки, то увы, придется бОльшую часть заданий (порядка 180) прибивать, причем незадолго до дедлайна (раньше не получится). Надо сразу было это сделать, но оставалась надежда, что другие заданий будут считаться быстрее, однако этого не случилось.

Только что подключил к розетте i-7 3930K вместо старого E6600. Интересно будет посмотреть, сколько он будет в среднем в сутки набирать. Он ведь еще и гонится до 4.7 Ггц на терпимом напряжении 1.4, но пока пусть в номинале пашет.

Bbs12 Это сколько же ему памяти потребуется для счёта в 12 потоков???? Ждём результатов

spider66
Полагаю, ровно столько же памяти, сколько на Gulftown.
#77#77

Обсуждение биотоплива и альтернативной энергитики уехало в болталку: [TSC!] Просто разговоры :) #9639715
bronevik, продолжаем там.

Я так понял, что это зависит от типа заданий - они разные бывают. Пока наблюдал отъедание от 7 до 10 Гб оперативки в целом на систему при работе розетты. Без розетты 1-3 Гб.

Bailiff8
Уже кстати рекорд по скорости счета (в целом проекта) поставили за счет наплыва участников с этого соревнования - 170 Терафлоп в 1й день (кто-то явно запасал перед началом) и ~155 Терафлоп в следующие дни (против 120-125 обычно)

Опасайтесь заданий 2LIS_VR10 . У меня десяток таких вывалился с Validate Error .

Чур! Чур меня!

Да пофиг, на следующую ночь засчитают по номиналу. Так что спорт не страдает, а наука - так и косяк не наш.

Это такая новая традиция в Розетте?

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/resul ... =503100609
Ошибок валидации у меня давно не было, ошибка вычислений сойдет?