Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

А как это сделать? Я пробовал ограничивать процессор в настройках, но у меня получилось что либо все ядра недогружены, либо все ядра загружаются на 100, но циклически, то есть процессор например 1 секунду загружен на 100%, 1 секунду на 0% и так повторяется постоянно. Снять нагрузку только с одного ядра у меня не получилось.

Bbs12
Число процессоров в БОИНК выставь N-1, и 1 ядро освободится.

Bbs12
Да, надо не % загрузки регулировать(его оставить 100%), а % ядер.
В настройках опция звучит как "В многопроцессорных системах использовать XX% от общего числа процессоров"
XX в зависимости от имеющегося кол-ва ядер, для 4х например, чтобы работало 3, а 4е освободить ставим 75%.
Точнее это не ядра, а потоки, так что для Intel считаем с учетом HT. У I-7 3930K как понимаю 12 потоков? Тогда чтобы 1 поток в резерв отправить 92%.

а я уже предложил вполне конкретное решение для форума )
Вытащить все, что переводил Mad'Max в отдельную тему, есди нужно причесать, разместить в топе, назвать "Научные достижения и новости проекта Rosetta@home" или как то иначе, но с этим смыслом. В шапке темы разместить краткий анонс и ссылки на оригиналы англоязычных статей. Новости должны появляться в обратном порядке (на первой странице) если это технически возможно. После того, как найдется доброволец сделать то же самое с F@H открыть подобную тему для фолдинга.

Добавлено спустя 35 минут 22 секунды:
И без возможности комментировать (опять же, если это технически возможно), чтобы содержание не размывалось.

Добавлено спустя 49 минут 17 секунд:
Лучше даже тему для фолдинга открыть сразу, параллельно с R@h, разместить ссылки на англоязычные источники и написать, что тот, кто сможет потянуть этот нелегкий труд, сделает большое дело для команды. Тогда точно будет больше шансов, что нужный человек найдется.
Вот теперь вроде всё

Да кто ж против-то? Создавайте тему, вытаскивайте в неё всё, я права куратора дам, чтобы он мог закрывать/открывать тему, когда нужно, редактировать в ней сообщения и т.д.

Думаю, быть куратором в каждой из тем должен быть тот, кто создает и редактирует контент.
И еще, особо подчеркиваю, что темы должны быть в разделе "важное", чтобы не сваливаться вниз, т.к. наполнение будет происходить не очень часто, а они должны быть перед глазами. И просто потому, что это новости проектов и суть того ради чего мы все считаем.

А я и не спорю
Можно в важное, можно добавить ссылку в ФАКи, расположенные в важном.

Кто займётся то?

[kane]Enforce по Розетте, логично было бы попросить Mad'Max'a. Это работа одноразовая и лучше чем он со своими текстами никто не справится А дальше все как прежде, просто обзоры и новости он будет помещать в эту тему. Модерировать её не надо тк комменты закрыты для всех. То есть дополнительной нагрузки никакой.
А по Фолдингу, создать тему с сылками и вступлением наверное лучше кому то из активистов фолдинга. Наличие этой темы рядом с великолепными обзорами по Розетте быстрее подтолкнет кого-нибудь из фанатов (в хорошем смысле этого слова) фолдинга начать делать тексты не хуже.
Насчет размещения ссылок в факах - это можно делать только как бонус. Я уверен, что если нужно что-либо хорошо спрятать, то лучшего места, чем ФАК не найти

Ну вот снова очков начислили с гулькин нос:
Считал дольше положенного (время счета стоит 12 ч, те. 43200 сек), посчитал всего одну модельку, крЕдиты же ни в какие ворота... Пробовал один раз прибивать задания с SAVE_ALL в названии - новые идут...

economist2000
У меня несколько таких было, ничего не поделаешь. Не все жабы вкусные.

Leonator
Да у меня тоже не первая... Из последних 2 недель - наверно 10% таких. Такая значительная разница в полезном выходе - в 5-6 раз - просто обидно считать. В фолдинге если разница и бывает в 1,5-2 раза, и то, стараюсь избегать счета, а тут куда больше и ничего не сделать...

Добавлено спустя 7 часов 54 минуты 2 секунды:
А из самых последних заданий - половина оказалась "очень невкусными"...

Не работает. Загрузка процессора уменьшается одновременно на всех ядрах. Пробовал и 92% и 50% и другие варианты. То же самое было на старой системе, никак не получалось освободить одно ядро.

Bbs12
На сайте в настройках попробуй отредактировать:
#77
Выставь N-1 от твоего числа N тредов в системе.

Mad'Max
Огромное спасибо за статьи.
ИМХО будет очень полезно собрать сборную статью (или пару, выделив отдельно биотопливо) и разместить здесь на форуме и на хабр (посмотрим на хабрэффект)


догоняй
Главное - стабильность.
Хотя в F@H тяжело стало набирать обороты, т.к. бигжабы мне считать не на чем , а жарить 15-18 компов на основе P4 в одном кабинете с выхлопом в 500-900 очков в день с компа... слёзы одни

Добрался и прочитал ветку на форуме посвященную CASP10 (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... hp?id=5963).

Кто не помнит международное совервнование по предсказанию структур белка №10 уже давно идет - официальный старт 1 мая.
Окончание - 1 августа.
Rosetta@Home разумеется участвует.

Чтобы помочь в этом как уже упоминалось выше нужно уменьшать "время оборота" жаб. Т.е. уменьшить кэш заданий. А возможно и целевое время счета (если оно очень большое стоит, например 24 часа)
Т.к. по условиям соревнования с момента выдачи аминокислотной последовательности(по которой соответствующая ей стуктура белка уже известна организаторам соревнования, но не известна никому из участников) и до окончания приема результатов предсказаний дается всего 3 дня.
С учетом "накладных расходов" (предварительной обработки на серверах, генерации заданий, их рассылки, сбору результатов, постобработки с целью выбрать лучшие модели, отсылки результатов обратно организаторам), собственно на расчет жаб на копьютерах волонтеров остается максимум ~2 суток. А желательно <1 суток (т.к. расчет обычно идет в 2 "волны": рассылка жаб, через ~сутки анализ всех результатов, что уже успели поступить к этому времени, на основе этой информации генерация 2й волны со скорректированными стартовыми параметрами).
Так что при большом времени оборота(BOINC такую статистику ведет - в свойствах своего компьютера посмотреть можно) планировщик вам "поучаствовать" не даст (просто не будет высылать такие задания).

Попутно выяснилось откуда кучи заданий rb_ (robetta) с большими объемами трафика идут. Это как раз и есть задания с CASP10! Их предварительную обработку и распределение выполняют севера robetta, а потом высылаются уже в сеть R@H. Отсюда и robetta в названиях.

Добавлено спустя 23 минуты 50 секунд:
Разумеется все эти рекомендации относятся к случаю если нет проблем с инернетом(трафиком) и компьютер работает регулярно (24/7 или хотя бы что-то типа 16/7 - 10/5). В других случаях можно на это дело забить.

Еще есть небольшое кол-во заданий не относящихся к CASP.
И сами CASP задания, даже если они не укладываются в необходимый срок, все равно очки зачисляются за них как обычно и научный результат не совсем чтобы пропадает. Т.к. кроме категории "битва серверов" проходящей в автоматическом режиме (и на которую выделяется по 3 дня максимум по каждому белку), есть еще и соревнование команд людей(которые работают с теми же самыми белками), на которое выделяется больше времени (неделя если правильно помню). "Опоздавшие" результаты будут использоваться там.

Mad'Max Имеет ли смысл размер буфера уменьшать до 0.5 дня? Счёт на всех 4 машинах 24\7, в среднем по 2.5 часа на задание.
спс

Если есть желание считать именно для CASP10, то имеет. На ближайшие 2 месяца.
Я у себя как раз до 0.5 дней (с 4х) снизил.

Mad'Max
А даст ли счет для CASP10 профит в виде дополнительных очков?

У меня что-то ежесуточный выхлоп за май просел с 900-1000 до 650-700 на одной машинке, при сохранении тех же темпов счета, и на другой схожая картина... Не нравятся мне жабы, идущие в последнее время...

economist2000 у меня такая же беда и виной тому обилие жаб secY которые считаются по 7 часов и приносят по 20 очков.