Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

Да, поэтому в случае 8 потоков на 4Гб - комп только для R@H и использовался.
На профильном поставил 12Гб (хотя всего 4 потока), но зато работать комфортно

Сегодня 2-й раз завис 2600К под Розеттой. Просто зависание, без записи ошибок. Возможно, потому что поставил лимит - использовать 90% памяти, когда комп не используется, как было в прошлое зависание (из-за пришедших тяжелых заданий пришлось увеличивать, чтобы не считать в 5 потоков). Память Розетта с системой могла не поделить. Может и разгон памяти виноват - древний Hynix (2009 года) погнал до 1866 с повышением таймингов и напряжения. В тестах хватало одних таймингов, но у меня так не вышло. А еще грешу на перегрев компонентов матплаты из-за видеокарты. Забыл сбросить утром ночной разгон. Хотя, комп повис рано утром, было еще прохладно. Итог печален - 14 часов простоя, причем энергии сожралось практически столько же, как при кранчинге. Почему так - не понимаю, из компа дул холодный воздух. пока приостанавливаю Розетту на этом компе, потом досчитаю жабы потихоньку. Да и за ночь (8 часов) он выдал всего 1100-1200 очков, никуда не годится. Такие же задания, как и до этого, но оценилсь очень дешево. Может, дело в Робетточных тяжелых жабах, из-за которых комп периодически приостанавливал счет других заданий.

Добавлено спустя 2 минуты 19 секунд:
Это же вообще ни в какие рамки не лезет: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/result.php?resultid=524836278

economist2000
Так там в логе видно, что был глюк:
[2012- 8- 9 21:35: 3:] :: BOINC
WARNING! cannot get file size for default.out.gz: could not open file.
Output exists: default.out.gz Size: -1

Был перезапуск (по какой причине по логу не выяснить), после(в результате?) которого результаты фактически потеряны.
Потому и очков столько.

Mad'Max
Предположительно, это задание начало считаться около полуночи. Памяти не хватило, комп перешел на счет в 5 потоков, и я приостановил несколько заданий. Утром попытался запустить счет этих заданий заново (и через час комп завис). При этом отчетливо помню, что даже те робеточные задания, что оставил считаться без паузы, за ночь практически не продвинулись в прогрессе. Новых просто не было таких, да и вообще, клиент не получал новых заданий почему-то. Может, сбой был вызван нехваткой оперативки?

Может быть, у меня такое неск. раз было.
Причем когда физически ее не хватает, а не в разрешенный лимит BOINC упирается. Когда из лимита вылезает, то обычно отрабатывает все корректно - BOINC отслеживает общее потребление ОЗУ и если оно начинает вылезать за установленный лимит, приостанавливает счет на 1м потоке подавая сигнал одному из расчетных ядер сворачиваться. То получив сигнал корректно завершает работу (и обычно так же корректно потом возобновляет).
А вот если лимит не превышен, но память при этом физически кончилась (такое может происходить если очень большой лимит задать - больше чем есть реально свободной оперативки или если другое ПО неподконтрольное BOINC много ОЗУ начинает кушать) может происходить либо жестокий своп либо вылет одного или нескольких счетных модулей. Или сначала 1е, а потом 2е.

Mad'Max
Вот и у меня примерно то же. Стоял лимит использовать не более 80% оперативки (установлено 4Гб, ХР и64) - все довольно стабильно считалось, но иногда розетта переходила на счет в 5-6 потоков. Свободной памяти оставалось 500-600 Мб. Увеличивал лимит до 85% - процессор оставался загруженным не полностью. Памяти было свободной 400-500 Мб. Ставил лимит на 90% - памяти оставалось 230-400 Мб, но вскоре происходило зависание. 2 раза так было. Казалось бы, память есть, да еще файл подкачки подключен - чего надо? А виснет...

economist2000 если стоит антивирь вроде касперского, он любит по ночам жесткие шерстить, да и вообще устраивать проверку когда ему вздумается. При этом если в фоне он кушает 50-100 Мб памяти, во время проверки смело может доходить до 500-800 Мб, особенно если на компе много архивов и инстяллях

Evgenii
Не пользуюсь им. Аваст стоит. Проверки по расписанию он не делает, да и не зачем, комп только для фолдинга, просто пару раз в инет с него выходил, вот и воткнул. Зависало в разное время - в 8.30 утра и в 18 вечера.

Засек сейчас время, требующееся для старта Розетты с медленного диска. Это кошмар. 1-й профильный, Розетта стоит на старом поношенном Сигейте 10-й серии, 160 Гб (1 пластина).
6,5 минут от запуска - запустились 2 потока (запуском считаю полную загрузку, более 200 Мб/задание, и загрузку процессора 12-13%). Вывалились.
8,5 минут - запустились 5 потоков, вывалились. 2 задания отправились непонятно с чем пока (были изначально посчитаны на 30-40%).
11,5 минут (!!!) - наконец-то запустились все 8 потоков. Это просто ... (далее следуют нецензурные выражения)!
Да, на более шустром диске будет быстрее, но, скажем 500-ник 11-й серии не сильно быстрее. Во время этого процесса интерфейс компа подвисал, и это при том, что система стоит на другом диске!
К слову, запуск Розетты с рамдиска занимает около 20 секунд (до полной загрузки всех потоков), и комп при этом нисколько не тормозит.

Добавлено спустя 1 минуту 48 секунд:
Mad'Max
Вчера наблюдал такую картину: Розетта на 4 Гб работает в 7 потоков, лимит использования памяти установлен в 80%, но при этом свободной памяти осталось всего 140 метров, а не 500, как я видел раньше. Вот поэтому комп и зависал вскоре после того, как я отдавал Розетте 90% памяти...

Мнэээ...
С ссд я даже не замечаю, что Розетта стартует 12 потоков. Взять какой 30Гб-ник, перенести на него кэш браузера, темпы, своп, Розетту (то есть все, что интенсивно работает с диском) - это не должно быть очень много по деньгам, а комфорт растет в разы. Или б/у 60Гб, долгая жизнь и надежное хранение критических данных от него не требуются.

Leonator
Подумываю о SSD для основного (2-го) компа, но пока не решился. Если бы не забросил увлечение фото, то уже купил бы наверно. Кое в чем рамдиск помогает. Кэш фокса там давно, кэш ИЕ, который иногда запускаю, вернул на Ц, т.к. с ним связал некоторые зависания. Теперь вот Розетта стоит в оперативке. На 2600К же пока не работаю, поэтому не так страшен долгий старт.

economist2000
Чего-то похоже с диском у тебя не в порядке (помирать может начал?) и/или с системой.
Сейчас засек запуск боинк(до момента когда все расчетные потоки начнит на 100% проц грузить) у себя на вполне рядовом жеском - Hitachi HDS721010CLA332 (система = WinXP стоит на нем же в другом разделе, SSD или рам-дисков в компе нет)
BOINC + 4 потока розетты + 1 поток POEM + 1 поток LHC@Home запускались всего 55 секунд, особых помех в работе (кроме громкого треска головок диска) при этом нет.
10й сигейт конечно помедленней моего будет, но не то чтобы критично - раза в 1.5 думаю. А разница в скорости загрузки почти на порядок, так что дело НЕ в скорости диска.
Единственно что переодически делаю дефрагментацию (а то розетка любит фрагментацию разводить), но с последнего раза уже больше месяца прошло.

А возможно это просто винда так неадекватно на малый остаток свободного ОЗУ реагурует и по кругу насилует своп(у меня при этом тест-запуске в итоге еще 1.2 Гб свободной ОЗУ осталось), а не розетта диск. Можно ради интереса попробовать своп отключить вообще. (скорее всего тогда для всех 8 потоков памяти не хватит, но оценить скорость загрузки можно).

P.S.
А HT кстати не пробовал отключать? На сколько выхлоп на 4 "честных" ядрах по сравнению с 8ю вирт потоками падает?

Добавлено спустя 2 часа 16 минут 10 секунд:
Перенесу пожалуй это в основную ветку Розетты

Еще не закончился, но подоходит к концу. Крайний срок сдачи последних предсказаний - 18 августа:
http://predictioncenter.org/casp10/targetlist.cgi (кстати по этой ссылке - по тем белкам у которых срок сдачи прошел в последнем столбце можно найти ссылки на подробную информацию с описанием что это был за белок)
А в R@H по-моему уже дейсвительно считать CASP перестали, тем что осталось robetta сервера занимаются + ручная обработка.

Небольшая статистика с CASP10.
Все на соревнование было выставлено 114 белков с полностью неизвестной структурой(+43 цели, где нужно было работать по частично известным данным). По ним получено 65000 предсказаний - каждая команда может несколько(если правильно помню 5) лучших своих моделей прислать по каждой цели.
Причем не совсем правильно говорить, что это еще раз перемалывают "старое и известное". Особенность CASP в том, что считаются белки стуктура которых была опеределена (экспериментально) совсем недавно(от дней до 1-2 года) и еще нигде не была опубликована. Т.е. в отличии от обычных "тренировок" и тестирований алгоритмов поиск идет полностью в слепую(двойной слепой метод). А оценивает все это независимая(от участников) команда. Что позволит достоверно сказать кто есть ху? На данный момент. Так что это не просто "чемпионат", а и метод оценки эффективности работы разных научных групп. Который может влиять в т.ч. на распределие грантов, пожертвований и т.д. в т.ч. поддержку РВ в у тех групп, которые РВ используют (а то каждый хвалит себя конечно в первую очередь, а как не будучи специалистом понять, где серьезная и эффективная наука, а где больше пиара? например Бейкер заявляет, что по их собственной оценке за последние 2 года они продвинулись в качестве моделирования больше, чем за предыдущие 6 лет - посмотрим как это отразится на результатах независимой проверки)
Кстати проме собственно предсказания структуры там есть и другие категории "соревнования", например поиск активных центров белка (так же только по линейной аминокислотной формуле)

Да, отыскал результаты с предыдущего CASP9(http://predictioncenter.org/casp9/groups_analysis.cgi)
В категории скоростной(результат возвращался в среднем через 2.4 суток после получения задания при предельно допустимых 3) автоматизированный поиск структуры Розетта тогда заняла 11е место (из 79 участвовавших команд).
В открытой смешанной категории (как полность автоматизированный так и машина+человек на кот. дается гораздо больше времени) лаба бейкер заняла
36е (полный авто) и 29е (с участием человека) места из 174 участвовавших групп
Для сравнения например POEM занял тогда 119/174 место (и в условных попугаях результаты где-то в 3 раза слабее/хуже чем у лабы Бейкера).
F@H как понимаю вообще не участвовал.

Так что осенью(когда будут подведены результаты CASP10) посмотрим кто как продвинулся за прошедшие 2 года.

+1

Викинул розетту и POEM на внешний жесткий 160Гб. Там же файл подкачки и виртуалка.
При 4 потоках розетты и 1 потоке POEM играю нормально в PerfectWorld и стою на раздаче торрентов.

Добавлено спустя 1 минуту 20 секунд:


винда вывалиться с ошибкой о нехватке памяти. У меня так происходило, когда свопа не было.

Внешний - USB или eSATA?



У меня на профильном ПК своп полностью отключен. Почти 1 год полет нормальный

USB 2.0


Это все хорошо, но при загрузке 4 потоков розетты + 1 потока POEM + MMORPG игра - все...8 гигов забиты почти под завязку, поэтому просит своп

P.S. С подкачкой обманул...на основном

Так с внешним еще больше тормозов, если он на USB2. Для самой розетты в смысле - операции будут на скорости порядка 30 Мб/с.
Я же сделал то же самое. Под систему отдал старый (но почти не юзанный) 750-ник, 10-й серии Сигейт, пока тот комп только для РВ, сойдет, а розетту поставил на 160-ник (но внутренний), пропахавший почти 2 года 24/7. Он на самом деле какой-то тормозной с самого начала был, скорости больше 80 Мб/с не видел, и в PIO много раз падал (не только от кабеля!). Но жив курилка, и смарт идеальный.
Да и не касаясь розетты. Везде пишут - комп грузится за минуту, за 50 секунд... У меня грузится 1-й профильный - минуту до появления рабочего стола, и еще минуту - пока трей загрузится (в котором мало чего есть). Стоит только Аваст из подобных программ, пара прог с диска и USD. 2-й комп грузится до окончательной загрузки 3,5 минуты. но это из-за конфликта антивиря Аваста с файерволлом Аутпостом. О десятках секунд нет речи даже в случае с чистой 1-й системой. ССД конечно поможет, но подождать 3-4 минуты 2-3 раза в месяц меня не напрягает, а тяжелый софт не юзаю сейчас.


Не пробовал. По хэндбрейку сужу (с которым такой эксперимент проводил на i7-870) - разница в производительности (реальной, не интерполированной) составляет 30%.


Только не под розеттой Какое-то время сидел еще на Кваде с 4 гигами без свопа. Пока памяти хватало приложениям, проблем не было.

Не знаю, насколько грузит POEM, сколько служебных файлов у него? 8 потоков Розетты - это все же не 4, это две большие разницы. 12-12,5 тыс. файлов.

а в чем сложность? BOINC не насилует винт нон-стопом. Он загрузил данные и пошел молотить. Если загрузка идет на 2-5 сек дольше, чем на внутренним диске, то я не вижу ничего страшного в этом. У меня 1 внутренний винт, поэтому юзаю еще внешний и все замечательно работает.


До отображения рабочего стола у меня загружается за 23-24 сек с холодного старта. После этого еще минуту прогружаются BOINC,VMware,Торренты, MSSQL и т.д. Но я уже могу работать после загрузки рабочего стола.




Не знаю сколько по файлам, но 1 поток розетты у меня объедает около 650-700Мб оперативки. POEM кушает в районе 200 метров и видюшку загружает только на 20-25%, поэтому, в момент расчета 5 розетт и 1 POEM, я еще играю в он-лайн игрульку.

Можно пустить в несколько потоков разом. Как это сделать, описано например тут: http://forum.boinc.ru/yaf_postst892_POE ... a-GPU.aspx . Только под КААЖДЫЙ такой поток придется выделить ядро ЦПУ вплоть до полной непригодности кранчинга чего-то кроме ПОЭМы на этом хосте. Можно при этом надеяться на 50-60 процентов загрузки 7970 (сужу по подписи) и соотвественно выхлоп около 400к в сутки.

Что есть "хэндбрейк"? Перевод в виде ручного тормоза мне тоже ни о чем не говорит
А вообще все приложения на HT существенно по разному влияют в зависимости от того, где "узкое место". Если оно собственно в вычислениях - HT влияет существенно, а если затык в ПСП (или том что основная часть нужные данные в кеше не умещается при большом кол-ве потоков) то разница будет минимальной.


Я не говорю постоянно так работать. А посмотреть как это повлияет на скорость загрузки (если существенно ускорится - значит тормоза не от запуска розетты непосредственно, а от работы винды со свопом).


Ну конечно 2 большие разницы - почти в 2 раза. Вот только время загрузки отличается при этом почти в 10.
POEM и LHC диск не сильно при запуске грузят, так что 4 розетты + POEM + LHC это аналог чуть меньше 5 потоков розетты будет.
По кол-ву файлов не совсем правильно судить. Реально и у розетты и у этих 2х проектов их рабочих файлов где-то порядка от 20 до 100 шт на жабу/поток.
А еще по ~1500 файлов на каждый поток розетты добавляет распаковываемая в каждый рабочий слот minirosetta_database. Из которой в каждой конкретной жабе используется только небольшая часть файлов(и насколько я понимаю исключительно на чтение).
За что розеттовским программерам надо бы по голове настучать - что не умеют(не хотят) с этой базой как с ресурс-файлом работать (прямое чтение нужных файлов из zip архива без распаковки - практически во всех стандартных библиотеках соответсвующие функции есть. Ну конечно распаковка в любом случае происходит, но только нужных файлов из архива, "на лету" - в памяти в момент чтения, при этом без записи чего-либо на диск)
Грузилось бы все намного быстрее(базу из-за особенностей работы BOINC все-равно приходилось бы для каждого потока копировать, но это было бы копирование 1 файла на ~60 Мб, что на современных винтах порядка 1 сек, а не 1500 файлов на 140 Мб) и фрагментацию на диске не разводило бы. Т.к. и тормоза и высокая фрагментация образуются как раз из-за постоянной(на каждую жабу) распаковки этого архива в папку с 1500 файлами и последующего удаления.