Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

Нее, такой вариант не подходит из-за того, что у меня домашний комп используется не только для расчета. Мне чем и нравиться POEM, что не загружает сильно видюшку и я могу параллельно играть/смотреть фильмы.

Переехал с Core2Duo E6300 на Core2Quad E9400. Оставил крутиться все время на двух ядрах из 4х. Посмотрим, посмотрим

вы мне лучше скажите, реально хоть что-то этот проект дал, кроме траты электричества?

Дал.

а кто-то скажет, что не дал. В любом случае, если можно, приведите хоть 1 научную статью в рецензируемом рейтинговом журнале, в которой описаны эти ценные результаты, иначе это беспредметный разговор.

polyakoviv
[TSC!] Общий FAQ #1586432
Раскрываем спойлер "для подозрительных и сомневающихся" и читаем.

спасибо, фак я открыть сам в состоянии, я просил что-то типа http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja303483k (хотя данную статью не читал и не знаю, насколько она реально значима, просто как пример привожу статьи в хорошем рецензируемом журнале). И я не спросил, что это "дает", я спросил, что конкретно ДАЛ уже этот проект. Если он что-то дал- публикация должна быть.

polyakoviv
Так научных статей море, в научных журналах мирового уровня (таких как "Nature", "Science", "Journal of molecular biology", "Nature structural & molecular biology" и других).
На главной страничке проекта список публикаций вечно забывают обновлять, вот тут регулярно обновляемый архив публикаций:
http://depts.washington.edu/bakerpg/publications.html(кстати эта ссылка есть в FAQ)
Выбирайте на свой вкус, читайте, изучайте.

большое спасибо, почитаю, оценю их уровень. А то просто интересно стало, каковы реальные научные результаты таких проектов.

Если будет возможность, отпишите результат Ваших изысканий на простом обывательском языке

Кто на долгую загрузку/насилие над винтом от розетты жалуется - можно поддержать мое предложение на оф. форуме по оптимизации работы с диском (краткая суть которого - не распаковывать на каждую жабу архив базы данных на 1500 файлов). Зайти написать, что это дескать нужно и полезно. А то пока только 1 человек поддержал.

Само сообщение: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... true#73650

Из новостей проекта - вышла новая версия минирозетты - 3.41.
У меня на ней пока почти половина жаб умирает(4 шт из 9 пока успевших посчитаться).
Что изменяли пока не написали, но судя по версии (3.31-->3.41) существенные изменения по научной части, поэтому новые баги не удивительны.

Я пока незначительно избавился от тормозов подрезав доступ к кэшу до 30%. Память всегда 50% когда я работаю и 60% (выполняется 4 задания) когда просто серфлю. Диск медленный жуть.

И обновление по научной части.
CASP10 закончился и появились новый цели/задачи. В частности в подпроекте моделирования взаимодействий белок-белок(так же занимается дизайном новых-искуственных) новый объект для изучения: при помощи R@H (так же в FoldIt эту зачачу забросили) пытаются создать искуственные белки влиющие на Сигнальный путь Wnt (английская Wiki/ на русском но очень кратко)
Это один из важнейших и универсальных клеточных механизмов - ругулирует экспрессию генов в клетке, что очень сильно влияет на нее(прежде всего на этапе развия/роста): копия ДНК во всех видах клеток(кроме очень специализированных - типа половых) одна и та же, все различия между огромном количеством видов клеток определяется только тем какие гены из ДНК активны, а какие "выключены". Wnt-механизм это один из путей регуляции этого процесса.

Более конкретно задача состоит в том чтобы разработать (смоделировать при помощи R@H, а потом синтезировать в лаборатории) искуственный белок связывающийся с рецептором "Frizzled" (кот. находится на поверности мембраны клеток - т.е. снаружи) - ответственным за передачу сигнала из внешней среды(межклеточного простанства) к ДНК клетки в рамках wnt-сигнального пути. В случае успеха это позволит влиять на wnt в лабораторных условиях и с его помощью намного лучше изучить этот механизм.
Прямой прикладной значимости нет, но это важное фундаментальное направление клеточной биологии. Если как следует разобраться в этом (и других) сигнальных путях регулирующих экспрессию генов и научиться их регулировать, то с клетками(и соотвественно тканями из них состоящими) можно будет творить что угодно - например "программировать" в какой вид клеток должны превращаться стволовые клетки(==> выращивать любые нужные ткани искуственно) и даже вплоть до превращения одних клеток(тканей) в другие. Более близкие цели - нарушения в этой сигнальной системе ведут к некоторым разновидностям рака и ингибиторы протеинов в него входящих могут пригодится при их лечении.

У меня такой в атомной качалке стоял... Если добавить памяти, можно загнать Розетту в оперативку. Мне 2 гиг рамдиска хватает под розетту и кэш браузеров, оставшихся 6 гиг хватает под Розетту и интернет. Для 4 потоков хватит и меньшего объема, но есть ли смысл ставить кучу недешевой ДДР2 сейчас... Эх, SSD похоже спасет нас всех, хотя бы самый дешевый.

Пока наиболее вероятный путь это два SATA3 диска в зеркале на хорошем контроллере. И еще одна пара 2х2 DDRII. Цена вопроса даже больше переезда на i5. Единственное, можно покупать все постепенно. У меня львиную долю денег съедает не дешевое хобби, апгрейд только раз в год.

Смысл?

Что б в догонялках не оффтопить перейду сюда. Не верю что все мимо медицины считалось. Где можно посмотреть направленность жабы?

Минимальные задержки чтение/запись при больших объемах в повседневной жизни. Я собирал решения для игр на паре WD Black или паре Ultrastar. Насмотрелся как работают зеркала на SAS в моих серверах. В принципе SATA нормально, если не требуется hotswap.
PS. К SSD отношусь скептически. Во первых из-за соотношения цена/объём. Во вторых мне не нравятся маркетинговые заявления наработки на отказ "не хуже традиционных HDD".

Цена объем - это понятно. Но на SSD задержки будут на порядок меньше, а скорости больше, чем у рэйда HDD, а хорошие 120-ники уже стоят около 4000-4200 (например, OCZ Vertex 4), этого объема достаточно для софта и программ, даже для некоторого дополнительного объема информации, которую требуется быстро обрабатывать. А касаемо маркетинга - не все ли равно, если гарантия на SSD в нормальных магазинах составляет 2,5-3 года, а кое где - до 5 лет? Хотел привести в пример модель на 128 Гиг, но их очередной раз за август все разобрали, цена была 4290.
Бэкапить систему все равно надо, не важно, на SSD или HDD она стоит, а загнется "флэшка" - поменяете в магазине на новую, еще более быструю.

Это неверно.
Задержки как раз возрастают или как минимум, сохраняются, растет только линейная скорость.