Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

Вот и подробности:
CPU Core i7-3770 3.4GHz@4.1GHz
Cooler Deep Cool Ice Wind Pro @800rpm
MB Asus P8Z77-V LX
RAM 2x4096Mb Kingston HyperX 1600MHz
PS FSP Epsilon 80Plus 700
HDD Seagate ST1000NM0011
CASE CoolerMaster K350
OS Windows Server 2008 R2 Standard x64

R@H x8 + Wuprop
Температура ЦП = 71

Спасибо.

Что-то не получается поженить KAV2013 и BOINC
При включенном KAV boincmgr не может подключится к проекту. Причем задания постояно загружаются в память, немного помолотят (20-30 секунд) и выгружаются. Так по кругу.
Отключаю KAV полностью, перегружаю - все ок, все работает.

Папка с программой Boinc и папка с данными Boinc включена в исключения KAV. Куда еще копать?

ToEst
Попробуй зайти: настройки -> контроль программ -> программы -> все программы боинка и розетты укажи как "доверенные". И в настройках правил каждой программы на закладке "исключения" поставь все галочки.

Smoke77 спасибо, помогло!

Вот собрал небольшой "сервачок" для терминалок.
Core i7-3930K 3.2GHz@4.0GHz/Noctua NH-U12S/4x4Gb DDR3 1600/Asus P9X79/nVidia GF210/SSD128+SSD180+HDD1Tb/FSP Everest 700/Zalman Z5
Пока розеттой потестирую, t cpu макс=76:
(http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_ ... id=1617942)

ЗЫ. Память сразу не завелась: Corsair XMS3, CMX16GX3M4A1600C9
причем BIOS пищал 1 длинный 2 коротких - видеоподсистема.
Память переткнул из черных разъемов в синие - и все заработало...

Сообщения накопившиеся как-нибудь позже прочитаю...
А пока интересное обновление по научной части проекта.

Одно из направлений давно запущенных в работу (я как-то уже писал про него с год назад), это была попытка создать белки-биндеры, которые избирательно связывались бы с человеческими белками p53, MDM4 и MDM2 (которое являются "регуляторами" для p53) которые оказываются задейсвованы практически во всех вариантах развития рака (Немного почитать можно тут: http://ru.wikipedia.org/wiki/P53). Но точные механизмы и связи пока не ясны и недостаточно изучены.
Конкретно у R@H cтояла задача создать искуственный белок, который мог бы избирательно блокировать MDM4, но при этом не мешать работе MDM2, и 2й наоборот блокировать MDM2 не затрагивая MDM4 (и 3й вариант блокировать оба одновременно, но этого уже частично смогли добиться раньше в других лабораториях), чтобы ученые могли на практических экспериментах изучать влияние каждого в отдельности на развитие опухолей и их взаимосвязь. Особоя сложность состояла в том, что MDM2 и MDM4 очень похожи по своей структуре, поэтому нужна очень высокая степень избирательности(а для этого белок-биндер, должен идеально соотвествовать активной зоне целевого белка) - обычные биндеры если связываются с одним из них, то с очень высокой вероятностью будут связываться и с другим из-за схожести структур.

Так вот, собственно проект можно считать успешным!
1. Благодаря расчетам R@H был смоделирован, а потом синтезирован искуственный белок, связывающийся с MDM4 в 75 раз лучше чем с MDM2. Назвали его Mdm4 Binder 17 (MB17, 17 т.к. судя по всему это уже 17й по счету вариант/попытка создать такой белок).
2. Полученные образцы были отправлены в институт специализирующийся на работе с раком (St. Jude's Childrens Research Hospital), где профильные специалисты подтвердили его свойства - по их замерам связь(избирательность) к MDM4 в 130 раз выше чем к MDM2 + подтверждено его нормальное функционирование внутри живых клеток, а не просто в пробирке со смесью белков.
3. Следующим этапом в R@H были расчитаны и синтезированы искуственные белки:
- улучшенная версия MB17 (избирательность к MDM4 относительно MDM2 увеличена до 1к370)
- белок с обратными свойствами, т.е. избирательно блокирующий MDM2 (~ 1к120)
- белок примерно одинаково блокирующий как MDM2 так и MDM4
4. Следующая партия образцов и расчетных моделей передана так же в St. Jude's Childrens Research Hospital, где сейчас с ними работают специалисты изучающие рак, которые впервые получили инструмент позволяющий целенаправленно "включать/выключать" одни из самых важный с точни развития рака белков.

P.S.
Для кого в вики описание p53 сложновато. Это регулирующий белок - страж генома. Своего рода естественная защита от рака (и вообще любых повреждений ДНК). Вообще поврежденные клетки (и раковые в частности) в организме образуются постоянно в небольших количествах. В норме это вызвает защитную реакцию, запускаемую через активацию p53, которая для начала блокирует рост и деление поврежденной клетки и попытки ее "починить"(в частности разрывы ДНК и повреждение только 1й нити из 2х в ДНК клетка умеет полностью исправлять). А если повреждения слишком серьезны, то запускает программу Апоптоза (запрограммированного замоуничтожения клетки, с минимальным уроном для окружающих).
Собственно рак как заболевание развивается, когда этот механизм дает сбой - например мутации в самом p53(нарушается его синтез, или синтезируются его поврежденные нерабочии копии) или в белках оказывающих влияние на него (сам p53 синтезируется в нужных количествах и в рабочем виде, но параллельно синтезируются другие белки, блокирующие его работу).

MDM2 и MDM4 это белки регуляторы угнетающие активность p53 в нормальном состоянии - когда клетка здорова(иначе излишняя активность p53 может убить и здоровые клетки). Одно из основных направлений развития рака - сбой (обычно мутация=повреждение ДНК) в генах отвечающих за синтез этих белков, что приводит к их избыточному синтезу несмотря на наличие повреждений. Т.е. начинается раковое перерождение клетки (и последующее ее бесконтрольное деление=образованию опухоли), но постоянно синтезируемые MDM2/MDM4 при этом "говорят" клетке, что все якобы нормально и блокируют запуск каскада естественных защитных реакций(в начале которого стоит p53 - дальше за ним огромная сложная цепочка тянется).

Камрады, напомните какой cc_config нужен и куда его положить, чтобы посчитанные задания сразу зачислялись и не висели часами.

<cc_config>
<options>
<report_results_immediately>1</report_results_immediately>
</options>
<log_flags>
</log_flags>
</cc_config>
Хотя никакого особого смысла в нем нет, на общее кол-во очков и пользу для проекта это не влияет(в отличии от F@H где чем раньше сдал жабу, тем лучше).
Только частота обновления статистики выше и доп. нагрузка на сервера.

Mad'Max
А куда его положить?

В основную папку с данными (это смотря куда установлено, боинк при установке 2 папки запрашивает, свою и основную и папку с данными)
Там же где client_state.xml global_prefs.xml и т.д. лежат.

Mad'Max
Спасибо

URGENT!!!!
В RALPH@Home начали выдавать задания! Не пропустите возможность поднять проект!

Не выдаются задания у всех проектов в боинке. Розетта, ПОЕМ, СЕТИ - везде тишина. У всех так или это у меня локально?

Bbs12
Локально, разумеется.

Bbs12, про поэм точно могу сказать, что задания есть, выдаются - примерно час назад получал.

Такой в принципе в базе уже есть. Но тоже добавил, чтобы сравнить в разгоне/без разгона.
На базе в 115 жаб получилось:
на 1 поток: 570 / 443 PPD
на ЦП: 4 561 / 3 546 PPD

Хмм. Как-то слабовато для данного ЦП. По моей базе получается чуть слабее его же в штатном режиме (3.1 Ггц/3.4 Ггц турбо)
И примерно на уровне хорошо разогнанных FX-6100 и Phenom X6
За прошедшее время разгон был снят? (если да, то все более менее в рамках).
Или какие-то проблемки в системе мешающие хорошо считать розетте если он все еще разогнан...

Добавлено спустя 10 минут 52 секунды:

Это описание вот этого компа? http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_ ... id=1615378
Если да, ничего не успело пока поменяться? Тоже добавлю.

Добавлено спустя 1 час 9 минут 29 секунд:

Хмм. У меня ральф на всех домашних компах подключен и получение заданий разрешено. Но так ни единого задания ни на одну машину не поймалось в этот раз почему-то...

Mad'Max
Профильный 8350 считает розетту в 7 потоков, но скоро перейдет в симап. Мне кажется, ппд примерно на уровне 2600К на аналогичной частоте.

Ты немногое потерял - вся партия была СИЛЬНО глючной. Но, я так чувствую, в ближайшее время будут ещё забросы.

TSC!_Anti
Уже перешел и "нахомячил" заданий