Advanced member
Статус: Не в сети Регистрация: 16.12.2002 Откуда: TSC! | Москва
13march нет, громаксы с Amber в названии уже бывали и раньше когда-то. Но было бы интересно знать, что за ядра такие доктора стали рожать последний год с небольшим.
The Double Gromacs B core is very similiar to the Double Gromacs core. This new fahcore_7b has several scientific additions to the core. Initially released only to the Linux platform in August 2007, it will eventually be available for all platforms.
The Gromacs Serial Replica Exchange Method core (FahCore_80), also known as GroST (Gromacs Serial replica exchange with Temperatures), uses Replica Exchange Method in its simulations also known as REMD, Replica Exchange Molecular Dynamics.
GROSimT (FahCore_81) is a new (May 2007) Gromacs core that performs simulated tempering. Simulated tempering is one of the sampling algorithms, of which the basic idea is to enhance sampling by periodically raising and lowering temperature. Using this new core, we are hoping to sample more efficiently the transitions between folded and unfolded conformations of proteins.
Добавлено спустя 1 час, 10 минут, 42 секунды 13march 4103 тоже их этой серии, считается чутка побыстрее, чем у тебя.
Дальше предположения. Про 3505: за supervillin-03 из серии p3039-3042 дают по 186 очков, т.е. возможный ppd = 235. За Amber03_Native - 343, ppd=514. Гадание на белковой гуще.
Цитата:
Конфигурация: Core2Duo E6400@3440, 2*1024Mb DDR2-860, WinXP SP2, Core 1 Номер задачи: 4103 (0-0-0) Имя задачи: p4103_wwmut_folded_Amber03_Native Размер задачи: 353,0 КБ Размер результата: Очки: 343 Фреймы: 100 Ядро: GROST IP сервера: 171.64.122.72 Очков в час: 21,44 Очков в сутки: 514 Ср. время на шаг: 0:09:36 Client.cfg: bigpackets=yes, type=0 Завершено: 8% FahSpy 1.4.5
Цитата:
Конфигурация: Core2Duo E6400@3440, 2*1024Mb DDR2-860, WinXP SP2, Core 2 Номер задачи: 3505 (0-8-0) Имя задачи: p3505_p3501_supervillin-03 Размер задачи: 264,3 КБ Размер результата: Очки: 186 Фреймы: 100 Ядро: GROMACS IP сервера: 171.64.65.58 Очков в час: 9,78 Очков в сутки: 235 Ср. время на шаг: 0:11:24 Client.cfg: bigpackets=yes, type=7 Завершено: 52% FahSpy 1.4.5
Итого: 749 ppd. Возможно.
Добавление: за 3505 дают 188 очков, так что почти угадал. Результат - 2,5 Мб.
_________________ Революционеров можно убить, идеи — никогда.
Последний раз редактировалось Behc 14.10.2007 11:06, всего редактировалось 1 раз.
Хм подскажите оптимальную конфигурацию
(FAH+SMP+GPU)
на данный момент использую 3и обычных консольных клиента и один ГПУ.
Обычные консольки в среднем (по показаниям ФахМон 470 очков в сутки каждый а ГПУ 360:-( )
Имею такое вот железо
Видео 1950ХТХ 512
Проц Q6600 разогнаный до 3,6
(4ре ведра мозгов)
ХП 32 SP2
Каталист 7,9
TSC! Russia Vice-captain
Статус: Не в сети Регистрация: 21.03.2006 Откуда: Петербург
Hil А, понятно. Просто о разных амберах говорили. Umka.Ua Можно попробовать SMP. Если WinSMP не поставиться, а Linux 64 bit на отдельный раздел желания устанавливать нет, то можно попробовать VMWare+Linux 64+Linux SMP. Будет не меньше 3000 очков. И для GPU клиента маловато очков, у меня на AIW 1900@650/1200 порядка 540 очков в сутки.
_________________ Революционеров можно убить, идеи — никогда.
Member
Статус: Не в сети Регистрация: 15.07.2005 Откуда: С.-Петербург
892-я жабка, досчиталась и умерла при записи результата на диск
Цитата:
[00:36:00] Writing checkpoint files [00:36:21] Writing checkpoint files [00:36:42] Writing local files [00:36:42] Completed 10000000 out of 10000000 steps (100) [00:36:42] Writing checkpoint files [00:37:42] [00:37:42] Finished Work Unit: [00:37:42] too large at 5635016 [00:37:42] Leaving Run [00:37:46] - Data size (5726367) exceeded bounds. [00:37:46] - Error: Could not write out results to file [00:37:46] - Shutting down core [00:37:46] [00:37:46] Folding@home Core Shutdown: FILE_IO_ERROR [00:37:49] CoreStatus = 75 (117) [00:37:49] Error opening or reading from a file. [00:37:49] Deleting current work unit & continuing...
Судя по строке
Цитата:
[00:37:46] - Data size (5726367) exceeded bounds.
это связано с ограничениями на маленькие пакеты. Behc, если еще не досчитал свою, попробуй поменять bigpackets. Добавлено спустя 10 минут, 36 секунд Хотя, возможно, это только на 6-й версии клиента.
Member
Статус: Не в сети Регистрация: 29.09.2006 Откуда: Ukraine
Я непонял а чо за прикол
Цитата:
[17:11:25] - Reading up to 153336 from "work/wudata_08.arc": Read 153336 [17:11:25] - Reading up to 2181700 from "work/wudata_08.xtc": Read 2181700 [17:11:25] goefile size: 0 [17:11:25] logfile size: 23004 [17:11:25] Leaving Run [17:11:27] - Writing 4799686 bytes of core data to disk... [17:11:27] ... Done. [17:11:27] - Shutting down core [17:11:27] [17:11:27] Folding@home Core Shutdown: FINISHED_UNIT [17:11:31] CoreStatus = 64 (100) [17:11:31] Unit 8 finished with 100 percent of time to deadline remaining. [17:11:31] Updated performance fraction: 0.984096 [17:11:31] Sending work to server
[17:11:31] + Attempting to send results [17:11:31] - Reading file work/wuresults_08.dat from core [17:11:31] (Read 4799686 bytes from disk)
итого 4 метра и счего бы это? може упаковка не пашет?
Member
Статус: Не в сети Регистрация: 29.09.2006 Откуда: Ukraine
Hil писал(а):
А в чём прикол? Нормальный объём для bigpackets=yes. Бывает и 17, и даже 40 МБ. А тут всего 4.
прикол вот в чем задание: 2928. раньше писало на отправку 1мб и раньше и так было. Сейчас смотрю поменялось, прикола и вправду нету просто 4 метра 1 метр для мопеда существено.
Цитата:
Конфигурация: Athlon 64 X2 3800+ @ 3.10Ghz 2x1Gb DDRII 667MHz @ 774 MHz 4-4-4-12, WinXP SP2, 2 поток Номер задачи: 2929 (9-2-19) Имя задачи: p2929_fs_simtemp_unf Размер задачи: 248,9 КБ Размер результата: ~ 4,7 МБ Очки: 330 Фреймы: 100 Ядро: GROST IP сервера: 171.64.122.78 Очков в час: 45,80 Очков в сутки: 1099 Ср. время на шаг: 0:04:19 Client.cfg: bigpackets=normal, type=65535 Завершено: 24% FahSpy 1.4.5
Маткад аж 150 ппд скушал
и вот
Цитата:
Конфигурация: Athlon 64 X2 3800+ @ 3.10Ghz 2x1Gb DDRII 667MHz @ 774 MHz 4-4-4-12, WinXP SP2, 1 поток Номер задачи: 2928 (22-7-6) Имя задачи: p2928_fs_simtemp_nat Размер задачи: 245,3 КБ Размер результата: Очки: 330 Фреймы: 100 Ядро: GROST IP сервера: 171.64.122.78 Очков в час: 46,23 Очков в сутки: 1110 Ср. время на шаг: 0:04:17 Client.cfg: bigpackets=yes, type=6 Завершено: 25% FahSpy 1.4.5
О... 1% жабы 892 посчитался за 1ч15м.
Это на 630@3.3 в два потока (ну и Опера еще)
За такую жабу надо хотябы 1000 очков давать Добавлено спустя 2 часа, 33 минуты, 44 секунды
Посчиталась жаба 4101. Дали 343 очка.
на 630@3.3 в два потока 1% считался 39.5 минут. 125 ППД с одного потока при счете в два клиента.
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1
Вы не можете начинать темы Вы не можете отвечать на сообщения Вы не можете редактировать свои сообщения Вы не можете удалять свои сообщения Вы не можете добавлять вложения