Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

Поставил версию BOINC 7.4.36 перестал клиент запускаться- выдает кучу ошибок! Пришлось откатится на 7.2.42. Почему не работает новая версия?

IgorGavrish
Пользуйтесь старой версией, в новых ничего критичного добавлено не было, менеджер боинка давно отлажен и удобен

MegaCalcii Спасибо!
Добавил в BOINC еще WCG тут недавно, хотел видяху загрузить, но он мало того что на видяхе не считает так и еще все ресурсы у Розетты забирает и приостанавливает её..
Кто учавствует в WCG подскажите они в принципе поддерживают расчет на GPU или нет?

IgorGavrish
Судя по заметкам к новой версии это как раз новая добавленная возможность в последней версии, добавили поддержку WCG, но похоже еще не отладили толком, сам boinc'ом GPU не считаю, свежие видеокарты сейчас очень актуальны в Folding@Home, а старые лучше вообще не мучать, только трата электричества

У меня R7 260x, насколько ьона актуальна в фолдинге? Раньше давно я учавствовал в фолдинге еще на GTX 9800, насчитал тогда около миллиона, потом забросил этот проект, незнаю сейчас есть смысл считать на R7...

Lecc Спасибо за подсказку!
Вступил в POEM и в команду TSC, посмотрим что сможет моя видяха в этом проекте

Lecc
О проекте POEM я позабыл, спасибо напомнили, теперь буду знать куда направлять малые мощности GPU

35-37К ППД в номинале. В ПОЕМ она была хороша в 2013-м, шла почти на уровне 7870, с тех пор не запускал, цели проекта с моими интересами не совпадают.

у тебя какая-то сильно устаревшая информация! Если считаешь, что мы сейчас считаем те же задания. На данный момент CPU / GPU одной направленности. о мониторах можете забыть!

более свежей инфы тут не встречал, хотя раз в квартал мониторил ветку.
а чем ПОЕМ лучше того же фолдинга?
для меня он уже тем, что карты висят на райзерах х1-х16, и проц слабый. если для фолдинга Селерона Г1610 с избытком что на систему 5х7790, что на 3х7950+7870, то для ПОЕМ и проц будет узким местом, и райзеры... или это тоже уже устаревшая информация?

Тут уже где-то писали, но не могу найти -- как сделать так, чтобы задания для розетты скачивались более чем в два потока?

в файле настроек cc_config.xml параметры

Triglav88
Спасибо

Да, уже устаревшая. После выхода нового GPU клиента(в ноябре 2014 кажется) для POEM который стал более универсальным (теперь считает и биологические проекты, чего на старой версии не получалось из-за имевшихся ограничений) среди прочего и сильно снизили зависимость от CPU - у меня например 1 свободного ядра фенома(на остальных ядрах CPU проекты) хватает чтобы почти полностью 2 видеокарты загрузить. А одно ядро(ну полуядро/поток бульдозерной архитектуры 1/8 в общем) разогнанного FX в другом компе обслуживает 3 карты. (а 7 потоков так же на CPU проектах).
в т.ч. 2 карты на 1x-16x райзерах висят, загрузка GPU у них судя по мониторингу тоже нормальная (правда скорость подробно непосредственно по жабам не сравнивал)
Карточки - 7870 и 7850
Так что если CPU проекты параллельно не запускать, то и селерона должно хватить.

А в сравнение с Фолдингом - ну уже по личным предпочтениям. Проекты примерно одним и тем же занимаются. Точнее POEM представляет что-то среднее в плане подхода между Фолдингом (попытка поамтомно весь природный процесс сворачивания белка смоделировать) и Розеттой (разными методами перебора "методом тыка" и подбора кусков аналогов с уже известными структурами пытаемся сразу конечную форму найти).

Не совсем верно. Судя по описаниям проектов, почти везде используются статистические методы, в частности цепи Маркова.

У F@H они как вынужденная мера появилась (изначально их не было пока считали более простые белки и кол-во участников было не так велико) - иначе у используемого ими подхода (а он заключается именно в попытке по-атомно рассчитать динамику молекулы - пошагово просчитывая все координаты, действующие силы, скорости и т.д. каждого атома) параллелизм получается ну совсем никудышный и не получится "кормить работой" все толпы привлеченных ими участников. Это задача больше для суперкомпьютера или нескольких выч. кластеров(по кол-ву независимых подпректов/моделируемых белков), а не для РВ.

Я почему F@H недолюбливаю среди прочего - избранный ими изначально подход совершенно неэффективно решать с помощью РВ. Отсюда растет множество используемых костылей типа:
- бигжаб (неслабых требований к минимальной мощности железа участника для части подпроектов)
- гигантские бонусы, где кол-во очков за срочность сдачи жабы участником может в разы превышать "базу" (непосредственно объем выполненных им вычислений)
- притягивание за уши статистических методов и цепей маркова (нужных в основном чтобы загрузить работой одновременно десятки тысяч участников без перебоев с заданиями, в условиях когда в норме при используемом подходе следующее задание не может быть сгенерировано пока нет результатов предыдущего - был найден "выход" запускаем моделирование полуслучайным образом откуда-то с середины из предполагаемого состояния в нескольких десятках и даже сотнях вариантов, чтобы потом выбрать из них только один или максимум несколько наиболее подходящий когда станут известны результаты предыдущей стадии расчета, а большую часть остальных просто отбросить как ненужные при построении итоговой динамики сворачивания и чем больше участников на конкретный тип жаб одновременно навалится - тем больше будет отброшенного "мусора").

В результате если почти во всех РВ проектах(включая Розетту и POEM да и практически все BOINC проекты) ценность скажем 1000 ЦП или ГПУ внутри суперкопьютера примерно равна тем аналогичным же 1000 ЦП/ГПУ в компах рядовых участников(при одинаковом кол-ве времени в течении которого они работали разумеется). То для F@H чтобы заменить суперкомп с 1000 ЦП/ГПУ, нужно в разы (если не на порядок-другой) больше железа участников напрягать и больше энергии сжигать.

Понятно что у докторов F@H таких суперкомпов/выч. кластеров в распоряжении просто нет, и они делают что могут с доставшимся им "халявным" ресурсом какой он есть.
Но я лично считаю такой подход неэффективным использованием железа и энергии(намного эффективнее такие задачи было бы решать в специализированных выч. центрах) и предпочитаю поддерживать другие РВ проекты(в основном тоже медицинско-биологические), где ценность/полезность толпы рядовых участников не уступает суперкопьютерам.
А в F@H было эффективнее просто посылать денег (донат) эквивалентный стоимости закупаемого железа и сожженной энергии, чтобы они арендовали (или может даже построили собственный) суперкомпьютер. (но для кранчера это неинтерсно, да и жаба на такое обычно более нервно реагирует )

P.S.
Хотя насчет POEM - возможно в последнем крупном обновлении они тоже перешли к похожему подходу. Нет времени подробно изучить последние изменения в научной части, но раньше у них была хроническая "нехватка" заданий - это происходило из-за того что следующие жабы при расчете молекулярной динамики не могли генерироваться пока нет результатов предыдущих, реально там только сотня-другая машин могла в параллель работать, а остальные толкались в очереди за работой в ожидании пока другие закончат предыдущую (если не применять методы типа скрипта для постоянной долбежки сервера запросами, чтобы среди первых постоянно оказываться при появлении свежей порции). После недавних обновлений в которых:
1 очень серьезно увеличили скорость счета (за счет почти полного переписывания GPU ядра новым программистом - скорость обсчета моделей выросла в разы)
2 к ним пришло/вернулось много участников (т.к. в след за увеличением скорости счета и выхлоп в очках/день в разы увеличился - в результате пришли те, кто не хотел видеокарточки там гонять из-за малого кол-ва начисляемых очков относительно других BOINC проектов).
Так вот несмотря на эти 2 фактора(которые привели к увеличению объема/скорости давимых жаб на порядок) - заданий теперь почему-то стало сколько хочешь всем желающим и никаких "очередей" нет, а на сервере постоянно от тысячи до десятков тысяч жаб готовых к немедленной выдаче.
Вполне возможно что теперь большинство тоже молотит "пустую породу" как в F@H. Если выяснится что так, буду тогда наверно другой проект подыскивать для свой толпы видеокарточек...

Mad'Max
Интересно однако, по старой памяти считал, что наоборот BOINC-проекты, где одни и те же задания пересчитываются разными участниками два и более раз, страдают излишней избыточностью, нежели F@H. Что же получается тогда, что все проекты с классическим подходом к МД неэффективны для РВ ? И "самая правильная" тогда Rosetta, честно использующая метод предсказания, а не расчёта "в лоб" ? Хотя там те же пироги, если посмотреть статистику нашедших правильную конформацию. Остальные же участники получается, что в пустую работали ? Кроме тех, конечно, кто выполнял предыдущие шаги именно "правильной" ветви расчётов. Хотя на фоне майнинга весь этот процесс всё равно представляется более полезным, "глядиш куда-то пальцем в небо да попадём". Во всей физической науке же полно приближений, лишь некоторые простейшие задачи решаются точно, та же квантовая механика, где вероятность лежит в основе самой природы.

Mad'Max
Давно Вас не было на нашем форуме, соскучились по переводам статей из научного мира и успехам применения моделей в РВ, в частности моделирования белков на компах, есть что-то свежее, расскажете?
На счет F@H, как раз пару пунктов из-за которых мне нравится ФАХ Вы и назвали это 1) большие жабы и неслабые требования для части подпроектов, и 2) все-таки скорость должна быть важна и бонус за скорость должен быть, может быть не такой большой, как сейчас, но что такое много и мало для этого определить сложно.