Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Mad'Max   



Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 6191 • Страница 4 из 310<  1  2  3  4  5  6  7 ... 310  >
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 23.11.2012)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
Неофициальная "portable" версия BOINC клиента

Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H


Последний раз редактировалось MegaCalcii 19.01.2019 17:59, всего редактировалось 22 раз(а).
Список научных достижений за последние 5 лет



Партнер
 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 26.04.2004
Откуда: Москва
blackbird И еще, какая избыточность в Розетте?

_________________
Join TSC! Russia at Folding@Home & Rosetta@Home
Welcome tsc.overclockers.ru


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 11.03.2004
Откуда: Новосибирск
Temytch
1 поэтому и была (есть?) возможность читинга путем накрутки рейтинга компьютера. Кредиты начисляются сразу, не надо ждать пока жабу обсчитают еще двое участников. В силу используемого алгоритма, random генерация очередной конформации (во загнул-то ;) ), результаты повторного обсчета одной и той же жабы будут отличаться.

_________________
● Guerra omnium contra omnes ●
● RuDiablo ● 3.3GHz Core 2 Duo power in Rosetta@home


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 15.08.2003
Откуда: Msk,Гольяново
Василий

Приветственное слово от Девида Бейкера

Вы будете помогать нам решить одну из самых длинных по продолжительности проблем в молекулярной биологии: проблему “свертывания” белков.
Белки – это миниатюрные механизмы, которые выполняют практически все важные функции в вашем теле. Как и в случае с любым механизмом, понимание того, как работает белок, требует знания того, что это за структуры. Уже более 40 лет известно, что структура белков полностью определяется последовательностью аминокислот, и мы знаем последовательности аминокислот для всех белков в человеческом геноме – за это спасибо проекту “Геном человека”. Однако до совсем недавних пор казалось, что практически невозможно вычислить структуры белков из их последовательностей аминокислот, и решение этой проблемы было бы чем-то вроде находки научной “чаши Грааля”.
Вы могли прочитать в выпусках новостей и журнале Science, что мы в последние 6 месяцев достигли значимого успеха, и в первый раз, похоже, представляется возможным вычислить структуру белков на основании их последовательностей аминокислот. Успех в этой задаче означал бы огромный прорыв в понимании того, как работают биологические структуры, и, что даже более важно, мог привести к открытию новых методов терапии и новых вакцин для лечения заболеваний. Большим препятствием для этого является очень большое количество времени , которые необходимо для решения этой проблемы.
Я могу объяснить вычислительную проблему с помощью аналогии. Предположите, что у вас есть космический корабль-исследователь, вы обнаружили новую планету, и вам сообщили, что то, что вы всегда искали, находится на дне самого глубокой долины на поверхности планеты. Как вы найдете эту самую низкую точку? Одной из возможностей могло бы быть попытаться приземлиться где-нибудь на планете, и искать из этой точки. Однако, если планета очень велика, очень непохоже, чтобы вы приземлились достаточно близко к этой глубокой долине для того, чтобы найти это. Например, если вы приземлитесь на Земле, маловероятно, что вы приземлитесь достаточно близко к берегу Мертвого моря, чтобы случайно найти его во время ваших поисков – более вероятно, что вы приземлитесь на другой континент, возможно вы будете искать около Гималаев или в пустыне Сахара. Но представьте, что вам будет выделено 10000 кораблей-исследователей для этой задачи, которые бы каждый приземлилсь на случайной позиции на планете, искали самую нижнюю точку поверхности на участке, на котором они приземлилсь, и сообщали бы вам высоту над уровнем моря самой нижний точки,которую бы они обнаружили. В таком случае ваши шансы найти то, что вы ищете, были бы гораздо большими, и чем больше кораблей вы бы послали на задание, тем выше были бы шансы на успех.
Теперь в нашем случае пространство, которое подвергается поискам, не поверхность планеты, но набор всех возможных структур, которые может иметь белок. Существует очень большое количество возможных структур, потому что существует более тысячи различных мест, где белок может складываться или крутиться различными путями. В высшей степени необыкновенно то, что несмотря на огромное количество возможных структур, белки сворачиваются в единственные, хорошо определенную структуры, которые позволяют им выполнять их биологические функции. Специальным свойством этих “свернутых” структур является то, что они имеют меньшую энергию, чем любая другая структура, которую может принять белок. Так вот, вместо поиска места с наименьшей высотой над уровнем моря мы ищем структуру с наименьшей энергией, но в принципе проблема очень похожа на пример, который я дал в предыдущем параграфе.

Так что вы можете думать о том, что ваш компьютер будет делать, следующим путем. В начале вычисления, он приземлиться в случайно выбранное место энергетического ландшафта, и затем будет искать точку с самой низкой энергией поблизости от этого места. В конце этого поиска он пошлет структуру с самой низкой энергией, которую он нашел, на наш сервер вместе с энергией этой структуры. Наш сервер сравнит энергии всех этих структур, которые найдены участниками, и будет выявлена структура с наименьшей энергией.
В начале нам будет помогать то, что структуры с самой низкой энергией были определены для некоторых белков с использованием сложных, дорогих и трудных лабораторных техник. Я не буду пытаться их здесь объяснить. Мы будем сравнивать структуру с самой низкой энергией с экспериментально найденной структурой, и сравнивать, те же ли это структуры. Однажды, когда мы узнаем, какое количество точек нам нужно искать (сколькими процессорами и сколько времени) для того, чтобы убедиться, что мы нашли структуру с самой низкой энергией, мы будем использовать наш подход для вычисления структуры важных белков с неизвестной структурой. Вы будете помогать нам найти эту чашу Грааля биологических исследований.
Теперь, если вы внимательно следили за этими объяснениями, вы поняли, что конечное решение – структура с самой низкой энергией – будет обнаружена одним процессором. Это все равно что выиграть в лотерею, поскольку пространство так огромно и есть столько возможностей. Как и в настоящей лотерее, чем больше времени ваш компьютер проведет в поиске, тем больше шансов, что он выиграет. Мы будем отслеживать “счастливый” выигравший компьютер для каждой проблемы предсказаний, и его владелец получит специальное сообщение и кредиты. Смотрите нашу страницу лучшие пресказания для большей информации.
Так что получайте удовольствия, и посоветуйте всем вашим друзьям и родственниками присоединиться – это один из самых важных неотвеченных вопросов сегодня в науке, который может быть потенциально решен с помощью распределенных вычислений.
Девид Бейкер.


По поводу читинга - руководство планирует усреднять очки за юниты, которые просчитывают разные случайные точки энергетического ландшафта одного белка.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 26.04.2004
Откуда: Москва
Ieshua Это твое предположение, или это где-то заявляетя организаторами проекта? Если последнее, то можно ссылку, плз.

_________________
Join TSC! Russia at Folding@Home & Rosetta@Home
Welcome tsc.overclockers.ru


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 27.05.2003
Temytch
Заявлено организаторами. И ссылки в процессе обсуждения проектов всплывали. Взоможность накрутки один из двух значимых минусов боинковых проектов.

_________________
Помилуйте, ведь нет такого слова в русском языке. Бог знает кто его выдумал, и бог знает, что сие означает.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 26.04.2004
Откуда: Москва
IRAQ Forever Меня интересует не накрутка, а избыточность. Поиск по нашим веткам слова "избыточность" никаких ссылок не дает. В обсуждении Розетты Agafonov написал, что избыточность 1, и все, больше информации не было!
Так что, если кто-нибудь может подтвердить или опровергнуть, пожалуйста, поделитесь!

_________________
Join TSC! Russia at Folding@Home & Rosetta@Home
Welcome tsc.overclockers.ru


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 22.03.2004
Откуда: Россия, Королев
Temytch
Почитай вот это, а потом сделай неутешительный вывод...

_________________
Найдем лекарство вместе!


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 26.04.2004
Откуда: Москва
Agafonov_KY Спасибо за ссылку, это я уже читал когда-то. Про избыточность там ничего внятного не написано, да и к тому же этот источник я бы не причислял к официальным:) Вопрос остается в силе!

_________________
Join TSC! Russia at Folding@Home & Rosetta@Home
Welcome tsc.overclockers.ru


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
так избыточность 1 там....... каждый юнит - сугубо индивидуален и неповторим :)
Добавлено спустя 1 минуту, 42 секунды
тестируем новый проект розетты

http://ralph.bakerlab.org/
Добавлено спустя 12 минут, 32 секунды
юнитов там ещё не получил, но первые впечатления неплохие - хорошо что во все возможности типа форумов и настроек можно заходить прямо из боинга.
Добавлено спустя 37 минут, 11 секунд
20 метров одно задание %)))))))))))))))
ужос
Добавлено спустя 1 час, 17 минут, 9 секунд
ужос, юнит считался всего час


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
решили проблему с трафиком :)
теперь можно считать розетту :)


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
РУ_ЛОСТ, ссылку бы дал что ли :) На главной про это ни слова.

_________________
Каждый человек по-своему прав. А по-моему, нет.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
Василий

на форуме это написано и в факе.


а так заходишь в профиль, там в найстройки розетты - "Target CPU run time" - тут выбираешь какие юниты хочешь считать.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 15.08.2003
Откуда: Msk,Гольяново
Теперь Розетту можно считать и на диал-апе:
1. Поставить в профиле на сайте Rosetta@Home Target CPU run time - 4 days
2. Скачать WU (3-4 мегабайта)
Деадлайн увеличен до 2-х недель.

Правда, Девид Ким так и не ввернул хотя бы bzip2, что сократило бы траффик раза в 2. Но теперь Rosetta@Home подходит для dial-up (траффик для меня в среднем 1 мегабайт в сутки, юнит считается 3-4 дня). Учитывая отсутствие избыточности, неплохой вариант для тех, кто не может или не хочет считать основной проект команды :)


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 27.07.2005
Откуда: Москва, СЗАО
Не забудьте, что 4хдневный юнит-результат на выкачку ~ 5,24 Мб.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.06.2004
Откуда: Мск.
Прикольная эта настройка в розетте "Target CPU", когда меняешь на сервере в большую или меньшую сторону в боинке тоже меняется время расчета. Но самое прикольное что если время поставить меньше чем уже просчитано в задании то задание остановится и резальт тут же отправится на сервер. Вот например надоело считать долгое задание взял поменял настройку и вуаля вам закачивается новое задание или короткое задание можно удленнить таким же образом. Очень полезно когда надо завершить задание.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 30.05.2005
Всем привет, настроил один пенёк 4 на этот чудный проект, уже одно задание даже посчитал :)

_________________
Please donate : LP1rBRsaEHaLPYVEkasee9u5LkKNvr97Ta (LTC)


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
norlang, добро пожаловать в наш скромный коллектив :beer:

_________________
Каждый человек по-своему прав. А по-моему, нет.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.06.2004
Откуда: Мск.
Василий norlang :beer:

Во ко мне счас задание закачалось, памяти 152 метра в пике заняло, а в среднем 130метров!


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
Хм, какая-то у меня жаба странная попалась. Считается уже почти трое суток, а выполнена всего на 1%. При этом в настройках выставлено Target CPU run time: 2 hours.
Баг или фича?

_________________
Каждый человек по-своему прав. А по-моему, нет.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.06.2004
Откуда: Мск.
Василий попробуй в боинге кнопочку обновить, может у тебя настройки старые или сбились. Или другую кнопочку - Управление-Повторить обмен данными с северами проектов(они должны быть аналогичны).
А галочки стоят -Постоянная обработка? -Поключен к инету?


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 6191 • Страница 4 из 310<  1  2  3  4  5  6  7 ... 310  >
-

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 2


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  



Лаборатория














Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan