Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   BOSUN   



Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 16 
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 21.03.2009
Откуда: TSC! | SPb
Folding@home (F@H, FAH) — это проект распределённых вычислений, который изучает поведение белков (сворачивание и агрегацию молекул). F@H разработан и запущен 1 октября 2000 года учёными из "Pande laboratory" (факультеты химии, структурной биологии и Медицинский центр Стэнфордского университета). Непосредственным руководителем лаборатории является профессор Виджей Панде (Vijay Pande). Для своего времени Folding@home стал революционным в области использования для распределённых вычислений и научных исследований вычислительной мощности видеоускорителей (GPU), игровых консолей PlayStation 3 и программного интерфейса MPI, используемого для вычислений на многоядерных процессорах.

Цели и научные достижения.
Цель проекта Folding@home — с помощью компьютерного моделирования процессов свёртывания/развёртывания молекул белка получить лучшее понимание причин возникновения болезней, вызываемых дефектными белками, таких как:
Болезнь Альцгеймера
Болезнь Альцге́ймера (также сенильная деменция альцгеймеровского типа) — наиболее распространённая форма деменции, неизлечимое нейродегенеративное заболевание, впервые описанное в 1906 году немецким психиатром Алоисом Альцгеймером. Как правило, она обнаруживается у людей старше 65 лет, но существует и ранняя болезнь Альцгеймера — редкая форма заболевания. Общемировая заболеваемость на 2006 год оценивалась в 26,6 миллионов человек, а к 2050 году число больных может вырасти вчетверо. У каждого человека болезнь протекает по-своему, но при этом наблюдается ряд общих симптомов. Первые заметные проявления обычно по ошибке связывают с преклонным возрастом или объясняют влиянием стресса. Наиболее часто на ранних стадиях распознаётся расстройство памяти, этот симптом может проявляться, например, неспособностью вспомнить недавно заученную информацию. При обращении к врачу и подозрении на болезнь Альцгеймера для уточнения диагноза обычно анализируют поведение, проводят серию когнитивных тестов, если возможно, проводится магнитно-резонансная томография (МРТ). С развитием болезни проявляются такие симптомы, как спутанность, раздражительность и агрессивность, колебания настроения, нарушается способность говорить и понимать сказанное (афазия), происходит потеря долговременной памяти и общее самоустранение больного от дел по мере затухания сознания. Постепенная потеря функций организма ведёт к смерти. Индивидуальный прогноз затруднён из-за вариаций в длительности течения болезни, которая может развиваться подспудно на протяжении длительного времени, прежде чем станут заметны симптомы и будет поставлен диагноз. Средняя продолжительность жизни после установления диагноза составляет около семи лет, менее трёх процентов больных живут более четырнадцати лет.
Болезнь Паркинсона
Болезнь Паркинсо́на — хроническое заболевание, характерное для лиц старшей возрастной группы. Вызвано прогрессирующим разрушением и гибелью нейронов чёрного вещества среднего мозга и других отделов центральной нервной системы, использующих в качестве нейромедиатора дофамин. Для болезни Паркинсона характерны двигательные нарушения: тремор, гипокинезия, мышечная ригидность, постуральная неустойчивость, а также вегетативные и психические расстройства — результат снижения тормозящего влияния бледного шара (паллидума), расположенного в переднем отделе головного мозга, на полосатое тело (стриатум). Повреждение нейронов паллидума приводит к «торможению торможения» периферических двигательных нейронов (мотонейронов спинного мозга). На данный момент болезнь неизлечима, однако существующие методы консервативного и оперативного лечения позволяют значительно улучшить качество жизни больных. Своим названием болезнь обязана французскому неврологу Жану Шарко. Он предложил назвать её в честь британского врача и автора «Эссе о дрожательном параличе» Джеймса Паркинсона, чей труд не был должным образом оценён при жизни.
Болезнь Хантингтона
Болезнь Хантингтона (синдром Хантингтона, хорея Хантингтона или Гентингтона) — генетическое заболевание нервной системы, характеризующееся постепенным началом обычно в возрасте 30-50 лет и сочетанием прогрессирующего хореического гиперкинеза и психических расстройств. Заболевание вызывается умножением кодона CAG в гене IT-15. Этот ген кодирует 350-kDa белок хантингтин с неизвестной функцией. В гене дикого типа (не мутантного) у разных людей присутствует разное количество CAG повторов, однако, когда число повторов превышает 36, развивается болезнь. Нейроморфологическая картина характеризуется атрофией стриатумa, а на поздней стадии также атрофией коры головного мозга.
Несовершенный остеогенез
Несовершенный остеогене́з (лат. osteogenesis imperfecta; иначе «несовершенное костеобразование», болезнь «хрустального человека») — группа генетических нарушений. Одно из заболеваний характеризующееся повышенной ломкостью костей. Люди с НО либо имеют недостаточное количество коллагена, либо его качество не соответствует норме. Так как коллаген важный белок в структуре кости, это заболевание влечёт за собой слабые или ломкие кости. Будучи генетическим нарушением, НО является аутосомно-доминантным дефектом. В большинстве переданным по наследству от родителей, однако, возможна и индивидуальная спонтанная мутация.
Болезнь Кройтцфельдта — Якоба (коровье бешенство)
Болезнь Кройцфе́льдта — Я́коба (более распространена транскрипция Крейтцфельдта — Якоба, названо по именам немецких врачей Hans Gerhard Creutzfeldt, Alfons Maria Jakob; синонимы: псевдосклероз спастический, синдром кортико-стриоспинальной дегенерации, трансмиссивная спонгиоформная энцефалопатия, коровье бешенство) — прогрессирующее дистрофическое заболевание коры большого мозга, базальных ганглиев и спинного мозга. Считается основным проявлением губчатой энцефалопатии (прионная болезнь).
К настоящему времени проект Folding@home успешно смоделировал процесс свёртывания белковых молекул на протяжении 5-10 мкс — это в тысячи раз больше предыдущих попыток моделирования. По результатам эксперимента вышло чуть менее 200 научных работ.

Производительность.
В 2007 году книга рекордов Гиннесса признала проект Folding@home самой мощной сетью распределённых вычислений. В июле 2008 года F@H признан крупнейшим проектом распределённых вычислений, как по мощности, так и по числу участников. Кроме того, до середины 2011 года он был самым мощным в мире симулятором молекулярной динамики. В декабре 2011 года проект Folding@home занимал вторую строчку мирового рейтинга самых мощных систем распределённых вычислений, уступая лишь Bitcoin.
В настоящее время Folding@home является одной из самых быстрых систем в мире компьютеров. По состоянию на 20 октября 2012, в проекте задействованы 215312 активных CPU, 20530 активных GPU и 17257 активных PS3 (с 6.11.2012 поддержка этой игровой консоли прекращена, задания не выдаются). Суммарная производительность составляет около 6 Pflops (петафлопс). Для сравнения, немецкий суперкопьютер "SuperMUC" занимает четвёртую строчку в мировом рейтинге суперкомпьютеров (TOP500 - 06/2012) и имеет вычислительную мощь равную примерно 3 Pflops, мощь американского "Mira" равна 8 Pflops.

Особенности.
В отличие от многих других проектов распределённых вычислений, Folding@home ведётся некоммерческим образовательным учреждением, занимающимся научными исследованиями и образованием. Полученные данные не предназначены для продажи, поэтому заработать деньги на этом невозможно. Более того, Стэнфордский университет открыто публикует результаты полученных данных. Анализ процессов отправляется в научные журналы для публикации и в дальнейшем эти статьи будут размещаться в сети. Затем, после публикации статей с анализом данных, результаты вычислений становятся доступны на веб-сайте университета и все желающие, включая других исследователей, могут ими воспользоваться.

Что же такое распределённые вычисления?
Распределённые вычисления это метод компьютерной обработки данных при котором несколько частей программы или несколько порций данных одновременно обрабатываются на двух и более компьютерах, которые связаны между собой локальной сетью или интернетом. Чтобы участвовать в проекте, человек должен загрузить небольшую программу-клиент. Клиентская программа Folding@home запускается в фоновом режиме и выполняет вычисления лишь в то время, когда ресурсы процессора не полностью используются другими приложениями. Программа-клиент Folding@home периодически подключается к серверу для получения очередной порции данных для вычислений. После завершения расчётов их результаты отсылаются обратно. Участники проекта могут оценить свой вклад по средствам статистики. Каждый участник может запустить программу-клиент на одном или более компьютерах, может вступить в одну из команд.

Для выполнения вычислений Folding@home использует вычислительную мощь сотен тысяч персональных компьютеров со всего мира. Так почему же нельзя просто использовать суперкомпьютер? Современные суперкомпьютеры на самом деле являются кластерами сотен процессоров связанных высокоскоростной сетью. Скорость этих процессоров сравнима (и часто даже ниже) со скоростью процессоров в обычных компьютерах! Таким образом, если алгоритм (такой как наш) не требует быстрого сетевого подключения, он будет исполняться с той же скоростью, что и суперкомпьютер. Конечно, нашей программе нужны не сотни процессоров современных суперкомпьютеров, а сотни тысяч процессоров. Следовательно, вычисления выполняемые Folding@home невозможны иным методом! Более того, даже если бы нам дали доступ ко всем суперкомпьютерам мира, мы всё равно делали бы меньше циклов вычислений чем на нашем кластере под именем Folding@home! Это возможно потому, что процессоры сейчас очень быстрые и в мире простаивают сотни миллионов компьютеров.

Если вы прочитали весь пост и читаете эти слова, то наверняка у вас возникло желание попробовать свои силы.
Что ж, мануалы и наши советы вам в помощь!
Удачи!

На данный момент существуют 3 основных OS, в которых работает F@H.
Ниже можно увидеть 3 ссылки. Мы предлагаем вам выбрать свою OS и перейти непосредственно к FAQ-у по установке:

1. [F@H] Настройка клиентов в OS Windows (в работе)
2. [F@H] Настройка клиентов в OS Linux (в работе)
3. [F@H] Настройка клиентов в OS MacOS (в работе)


Последний раз редактировалось BOSUN 11.11.2012 20:26, всего редактировалось 8 раз(а).


Партнер
 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 13.04.2008
Откуда: Смоленск
BOSUN писал(а):
Стэнфордский униврситет открыто публикует результаты полученных данных


BOSUN, тебя в последнем абзаце не смущает это "наше"? :) Особенно предложение:
BOSUN писал(а):
Более того, даже если бы нам дали доступ ко всем суперкомпьютерам мира, мы всё равно делали бы меньше циклов вычислений чем на нашем кластере под именем Folding@home!

_________________
«Ты можешь рассчитывать на человечество, они всегда сведут все к наименьшему знаменателю и насрут на все сверху!» Lemmy Kilmister


 

TSC! Russia ex-Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 13.07.2007
Фото: 0
GoLeM_LI прочти пожалуйста с самого начала. Я делал правки, может у тебя ещё глаз зацепится. Про "наше" подумаю.

Добавлено спустя 59 секунд:
Вообще всё, что после абзаца "особенности" и до ссылок, под вопросом, стоит ли оставлять?


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 13.04.2008
Откуда: Смоленск
Ну с нашим можно просто. Заковычить абзац, а спереди написать "Сами ученые о распределенных вычислениях говорят следующее:"
Особенности тоже ничего, только может изменить немного.
Цитата:
В отличие от многих других проектов распределённых вычислений

А коммерческих действительно много? Я просто знаю буквально парочку...
Цитата:
которые связаны между собой сетью или интернетом

Интернет тоже сеть. Может лучше "локальной сетью или интернетом"
Цитата:
сетью или интернетом.Чтобы участвовать в проекте

Пробела перед "чтобы" нет :)

Сейчас еще раз полностью перечитаю.

Добавлено спустя 22 минуты 49 секунд:
BOSUN писал(а):
К настоящему времени проект Folding@home успешно смоделировал процесс свёртывания белковых молекул на протяжении 5—10 мкс — что в тысячи раз быстрее предыдущих попыток моделирования.

Вот кстати "быстрее" случаем не "дольше"?
Еще по тексту home то строчный, то заглавный.
Можно указать редакцию TOP500 - 06/2012, а то она имеет тенденцию меняться дважды в год :)
Цитата:
Ниже, можно увидеть 3 ссылки

Мне кажется, запятая не нужна.

P.S.: под каты не заглядывал - страшно там :)

_________________
«Ты можешь рассчитывать на человечество, они всегда сведут все к наименьшему знаменателю и насрут на все сверху!» Lemmy Kilmister


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 21.03.2009
Откуда: TSC! | SPb
GoLeM_LI писал(а):

P.S.: под каты не заглядывал - страшно там :)



Так загляни. Я то не доктор, в легкую по болезням расписать не могу.
Написание грамотных FAQ-ов занятие коллективное. Ибо в этом случае как никогда работает правило про две головы.

_________________
Nobody is perfect!
But I'm realy fucking close!


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 02.05.2008
Откуда: Россия
Фото: 7
смысл темы?Сто раз на дню

_________________
Путин научит тебя любить родину!


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 13.04.2008
Откуда: Смоленск
BOSUN, и я не доктор. При первом прочтении заглянул :roll: вроде нормально. А второй раз страшно, от такого чтива дважды в день может :crazy: приключиться.

_________________
«Ты можешь рассчитывать на человечество, они всегда сведут все к наименьшему знаменателю и насрут на все сверху!» Lemmy Kilmister


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 21.03.2009
Откуда: TSC! | SPb
Ecowar писал(а):
смысл темы?Сто раз на дню



Мы планомерно уменьшаем количество тем.
Стремясь от количества к качеству

_________________
Nobody is perfect!
But I'm realy fucking close!


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 13.04.2008
Откуда: Смоленск
BOSUN, ну под катом только запятую лишнюю нашел после названия
Цитата:
Болезнь Кройцфе́льдта — Я́коба, (более распространена

_________________
«Ты можешь рассчитывать на человечество, они всегда сведут все к наименьшему знаменателю и насрут на все сверху!» Lemmy Kilmister


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 06.08.2008
Откуда: Екатеринбург
BOSUN писал(а):
На сегодняшний день проект FAH опубликовал данных больше чем все другие проекты распределённых вычислений вместе взятые!

предлагаю заменить на:

Количество публикаций научных данных проекта распределенных вычислений Folding@home превышают количество публикаций всех других проектов распределённых вычислений вместе взятых!

_________________
Наркотики это плохо, понятно? (с)


 

TSC! Russia ex-Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 13.07.2007
Фото: 0
Abdecker в том то и суть, что "публикаций" (статьи и прочее) у них меньше, а вот "опубликованных данных" (проведённые эксперименты, условия, результаты и т.д. всё то, что не обязательно оформлять в виде научной статьи) они могли опубликовать больше чем другие. Т.е. Панде лаб могут сказать: "Мы взяли N белков, M растворителей и X условий. Получили Y результатов". И вот все эти Y результатов и публикуют. А потом какой-нибудь аспират смотрит: "А вот же мой A белок из числа тех N у Панде и мой B растворитель из числа M. Зачем мне проводить эксперимент, если уже есть научно полученные и подтверждённые результаты?".

Я пока не нашёл откуда эта инфа, надо Босуна пытать :)

Добавлено спустя 13 минут 7 секунд:
Пытки не понадобились. Цитата взята с офф сайта (вопрос "Чего достиг проект на сегодня?"). Но во избежание недопониманий убираем.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 21.03.2009
Откуда: TSC! | SPb
Кэп, как ты заметил, там переводы существенно разнятся, так что, черт его знает кому верить.
Я пока вообще эту фразу убрал

_________________
Nobody is perfect!
But I'm realy fucking close!


 

TSC! Russia BOINC-manager
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.01.2010
Откуда: Санкт-Петербург
[kane]Enforce писал(а):
Пытки не понадобились. Цитата взята с офф сайта (вопрос "Чего достиг проект на сегодня?"). Но во избежание недопониманий убираем.

Это была похоже самодеятельность переводчика (как понимаю, по аналогии с R@H доктора публикуют официальную информацию только на английском, а переводы на другие языки делают добровольцы-волонтеры по желанию, профессиональных переводчиков для этого НЕ нанимают).

Вот как выглядел этот кусок в оригинале (на аглийском)
Цитата:
What has the project completed so far?

We have been able to fold several proteins in the 5-10 microsecond time range with experimental validation of our folding kinetics. This is a fundamental advance over previous work. Scientific papers detailing our results can be found in the Results section. We are now moving to other important proteins used in structural biology studies of folding as well as proteins involved in disease. There are many peer-reviewed and published in top journals (Science, Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB, etc) that have resulted from FAH.

И как был переведен
Цитата:
Чего достиг проект на сегодня?

Мы смогли свернуть несколько белков в промежутке времени от 5 до 10 микросекунд с экспериментальным подтверждением нашей кинетики сворачивания. Это фундаментальный прорыв на фоне прежней работы. Научные публикации, описывающие наши результаты можно найти в разделе "Результаты". Сейчас мы переходим к другим важным белкам, используемым в структурно-биологических исследованиях сворачиания и белкам, вызывающим болезни. Многие из полученных FAH белков проанализированы и опубликованы в топ-изданиях (Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB, и др.). На сегодняшний день проект FAH опубликовал данных больше чем все другие проекты распределённых вычислений вместе взятые!

В основном идет более-менее точный перевод, а вот последнея фраза (про больше всех в мире) есть только в русском варианте.


 

TSC! Russia ex-Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 13.07.2007
Фото: 0
Mad'Max да мы уже вчера с Босуном выяснили это =\


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 0
BOSUN писал(а):
По состоянию на 20 октября 2012, в проекте задействованы 215312 активных CPU, 20530 активных GPU и 17257 активных PS3 (с 6.11.2012 поддержка этой игровой консоли прекращена, задания не выдаются). Суммарная производительность составляет около 6 Pflops (петафлопс)

BOSUN писал(а):
В настоящее время Folding@home является одной из самых быстрых систем в мире компьютеров. Его скорость примерно равна суммарной скорости всех проектов, работающих на распределенной вычислительной платформе BOINC.


а статистика говорит об обратном - http://boincstats.com/en/stats/-1/project/detail. то бишь суммарная производительность БОИНК проектов на данный момент - 7,3 петафлопс. И это еще заниженные показатели - например Rosetta@home - 117 Tflops ( в статистике - 57 - http://boincstats.com/en/stats/14/project/detail), в POEM@home уже почти Петафлопс - 933 Терафлопс ( в статистике - только 803 - http://boincstats.com/en/stats/58/project/detail/) итд. Вот!


 

TSC! Russia BOINC-manager
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.01.2010
Откуда: Санкт-Петербург
sashmxm
Ну никаких противоречий тут не просматривается. Во первых написано, что один из самых быстрых, а не так, что он самый быстрый (№1).
Ну и во вторых BOINC по суммарным показателям конечно побыстрее по мощности и массовее в плане участников, но так BOINC это и не проект РВ, а только оболочка/платформа для нескольких десятков отдельных независимых проектов вычислений.
Если рассматривать сами проекты непосредственно, то Folding@Home все еще №1 и в ближайшее время им останется.


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 16 
-

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  



Лаборатория














Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan