в конкретной модели WD Elements 2 Tb стоит HDD толщиной 15 мм

Потому что у вас SMR диск

Винда не загрузится, это системный раздел.

Какой прогой пройтись по накопителю чтобы заставить его отображать реальный объем, чтобы можно было долговременно и стабильно им пользоваться (носить хотя бы файлы между компами).

1) Нужно удалить раздел с флешки
запустить диспетчер дисков:
правой кнопкой мыши на пуск — выбрать управление дисками
или там же в кнопке пуск в строке поиска написать diskmgmt.msc
Видно разделы, видно флешку 500 гигов, но управление дисками не дает удалять разделы с флешек. Не закрывайте окно, еще пригодится.
2) Удалить раздел программой diskpart
нажать в пуске выполнить
написать в строке diskpart
в окне diskpart написать команду list disk
Появится список дисков, нужно определить где флешка. Диски под номерами, определять придется по объему. Желательно определить точно, чтоб не снести систему или нужный раздел с винчестера. В этом как раз будет полезно окно диспетчера дисков. У меня флешка была под номером 3.
написать select disk {ваш номер флешки} -> ответ программы: выбран диск 3
написать clean -> ответ программы: очистка диска выполнена успешно
3) Создание нового раздела
Снова идем в управление дисками из пункта 1, там флешка уже с неразмеченной областью.
тыкаем правой кнопкой в эту неразмеченную область, создать простой том…
в появившемся окне написать реальный объем данных на флешке. Он есть в проверке H2testw, я прописал 30000 МБ, то есть чуть меньше реального объема.
выбираем букву для диска, форматируем.
В управлении дисками появилась флешка, у нее основной раздел 29,3 ГБ и нераспределенный фейк-раздел 470 гигов.

Гугел забанен у вас?

тыкаем правой кнопкой в эту неразмеченную область, создать простой том…

Собственно уже и сам решил вопрос, но сейчас почитал ради интереса - так это всеми этими действиями вы просто разбили накопитель на разделы, а сам объем накопителя продолжает оставаться фейковым. Что оставляет пространство для проблем при переразметке/низкуровневом форматировании в будущем. А если эта флеха попадет после меня в руки того кто не знает предыстории (и он такой, у-ха, вон у нас скока еще места свободного, непорядок, давай-как форматнем) то и приплыли. Я собственно тож по итогу сделал "на отвали", почти как вы предложили, только не дискпартом а акронисом, но всё же тупо разбивка это не самое изящное решение. Всё ещё виден ненастоящий объем у самой флехи.