Как программно реализовать объеденение двух видео файлов (3gp) в один?

Читать спецификации формата и реализовывать самостоятельно. Можно воспользоваться сторонними наработками: например GPAC . Думаю легко не будет .

Даже не сомневаюсь, но может кто то занимался чем то подобным и готов подсказать.

Может стоит покопать в сторону DirectShow...

я писал программу для отрезания куска видеофайла (divx), и программу для объединения файлов в 1(проверял на музыке правда) (mp3,ogg).

Единственное но что это все дело в альфа-стадии заморожено, да и было на php, т.е. без домашнего сервера работать не будет
но ничего нереального нет.

С divx'ом получилось или нет?

1. ищешь конвертер типа "3гп в мп4"
2. перегоняешь свои клипы в другой формат.
3. далее каким-нидь видеоредактором склеиваешь\обрезаешь\фильтруешь и тд.
4. если есть надобность-перегоняешь обратно в 3гп.
но сразу тебя предупрежу-это довольно хлопотное дело.