Для начала надо убедится, что выключен программный CMSS (стоит галка Disable Sound Blaster enhancements)
Дальше делается так:
Если после загрузки компа в консоли уже стояло 2/2.1, то первые два шага можно пропустить.
1. Устанавливаем в аудио консоли 2/2.1 Speakers и включаем там же CMSS, в винде соответственно само сбросится на стерео.
2. Перезагружаемся по нормальному.
3. После перезагрузки ставим 5.1 в винде и Headphones в панели креатив.
4. Жмём заветную кнопку Reset на системном блоке.
После загрузки видим, что в панели креатив стоит 2/2.1, а в винде по прежнему 5.1
5. Запускаем Скайрим и убеждаемся, что это не видимость, а действительно работает.

Судя по всему, креативовский драйвер сохраняет свои настройки только при завершении работы\перезагрузке, и если оные произошли некорректно, восстанавливает предыдущие, при этом не трогая настройки винды, которые, в свою очередь, сохраняются сразу.

Осталось понять, где они лежат и как их подсовывать драйверу. В ProgramData\Creative\Spi\{циферки}\Speakers лежит инишник, но судя по содержимому, там не всё.