Ситуация такая. Имею подключение к 2-м сетям:
1) ip 192.168.1.34 маста 255.255.255.252 (подключена к простой сетевой PCI)
2) ip 172.16.1.255 маска 255.255.0.0 ( подключена к встроеноой в Asus A8N-e сетевой)

при одновременной работе обеих сетей, у второй возникают длитеольные паузы во время навигаци по сетевым группам. При отключенной первой сети все работает отлично, без задержек.

В чем может быть причина?

Сначала запросы направляются по первому интерфейсу, не найдя нужных ресурсов обращается ко второму, оттуда и тормоза...

Для нормальной маршрутизации рекомендуют делать адресацию так:
X.X.S1.xx
X.X.s2.xx
и маску подсетей давать одинаковою.
тоесть примером 192.168.1.ххх, 192.168.2.ххх, а маску обоим например 255.255.255.0

а в чем проблема с разными масками на разных сетевухах? а вот по сегментам разнести - это дельный совет.

если нет возможности менять адреса
пропиши маршруты и забудь (из консоли route /? и внимательнно почитать)