цель - собрать роутер на базе пк.
Ни разу этого не делал поэтому прошу отнестись с пониманием и просто по возможности дать совет.

У меня есть 4 организации, каждая из организаций должна иметь доступ в нет.
Каждая из организаций должна быть в своей отдельной подсети и друг друга не видеть.

На данный момент покупать готовый роутер (например microtik) не входит в планы.

тоесть я так понимаю мне необходимо установить 4 сетевые карты + одну сетевую карту, которая у меня будет подключена к нету.

Посоветуйте пожалуйста какую ос мне необходимо установить (какой линукс) и какую програму на базе линукса для маршрутизации.

Если честно, то правильней было бы купить. Да и геморроя было бы меньше с настройками... Только почему вы упираете именно на микротик не понятно....
Поставьте лучше не линукс, а FreeBSD. Маршрутизация поддерживается как в линуксе, так и во фре, так что ничего специфического доставлять не надо... но если вы в *nix системах слабо разбираетесь, то ставьте виндюки 2003-и... также как дополнительный софт к виндюкам 2003 можно в принципе рассмотреть данное ПО: http://www.smart-soft.ru/

Вин лучше не ставь )) иль них иль бабки заплати лучше если времени нету

+1.Просто человек никогда не сталкивался,с последующим гемороем.