На рабочем компе стоит 2 сетевые карты(1 встроенная, другая подключена через PCI слот), интернет на работе у меня раздается через сервер с постоянным IP адресом и прокси, подключен к обычной сетевой карте.
А к встроенной сетевой карте я подключил обычный модем.
Так вот вопрос, можно как то настроить встроенную сетевую карты, что бы можно было выходить в интернет и со встроенной и с обычной сетевой карты?

По-простому - НЕЛЬЗЯ! Частично можно прописать кучу статических маршрутов на определенные ресурсы, но это не выход. По-сложному есть разный софт (далеко не бесплатный) который частично может задействовать 2 линка одновременно. Подумай нужно ли это тебе.

FLESH Задам другой вопрос - ЗАЧЕМ

Одновременно нельзя.
Но ты можешь сделать два батника меняющие маршруты и положить их на рабочий стол. По клику у тебя будет меняться канал.