Gentoo latest stable, AMD64
AMD X2 3800+
Abit KN8 (nForce4 Ultra)
2x WD Raptor 36GB SATA (ещё старые модели)

Заколебался уже, перерыл всё что можно... в основном предлагают
1). Поменять кабели
2). Отключить не занятые порты SATA в биосе
3). Править или откатится на преведущую версию kernel (я думаю откатится на приведущую версию, с которой таких проблем не возникало, до этого 5 месяцев проработало всё нормально..)

_Psih у меня эта хрень была только с родными дровами нвидии, без них, из ядра, все ОК

Докапались до причины... оказалось питание, видно коннектор не плотно подходил, в итоге хард врубался и вырубался постоянно... вообщем поставили переходники на SATA питание, пока полёт нормальный.