Можно ли переделать корпусный вентилятор под другой источник питания например батарейки ?

Хм, а зачем переделывать то ? Я Спокойно запитывал корпусный 120мм от аккумулятора телефонного. Единственно что вращался на минимальных оборотах, но это из за напряжения 4.5в вместо 12 штатных.

С батарейкой он долго не протянет, а подключать это все к мощным аккумуляторам...хм, "переносной" говорите?

Можно взять ЛиПо аккумулятор 11,1В (которые используют для радиоуправляемых моделей) емкостью ~5000mah, размеры небольшие, вес около 300гр. Вентилятор с током потребления 0,2А проработет сутки.