Насчёт разгона. i7-4770K, безусловно, будет быстрее чем E3-1240v3, но только переплата за это дело не совсем оправдана. У E3-1240v3 частота 3,8ГГц при работе Turbo Boost - уже вполне немало. Поэтому с i7-4770K ещё неизвестно, что вы больше заметите больше - прирост производительности или же похудение кошелька и головную боль от возни со скальпированием. Поэтому предлагаю собрать без разгона и потратиться более рационально.

Материнская плата - последую рекомендации яблочников-маководов (уж не помню откуда это пошло) собирать комп под мак-ось на материнке от Gigabyte. Нюансов не знаю, но поверьте, указанный вами сайт с рекомендациями это не прямое руководство к действию. В этой теме я сам предлагал собрать комп под мак-ось на материнке от Гиги, которой не было в том списке (кажется GA-Z77X-D3H или -UD3H). Всё отлично заработало. Это из собственного наблюдения, а так ещё неоднократно встречал отзывы о том, что не принципиален выбор материнки не только из того списка, но и Gigabyte в целом. Но за подробностями лучше покопайте форумы яблочников. Поэтому без разгона нормально будет собрать на Gigabyte GA-B85M-D3H (Xeon E3-1240м3 есть в списке поддерживаемых), и даже не на GA-H87M-D3H, поскольку технологии с использованием видеоядра для ваших задач лишние и с E3-1240v3 не заработают, и в организации RAID я никакого смысла не вижу. Формат micro-ATX - по вашему требованию компактных размеров, да и в случае ATX занять семь слотов у вас будет просто нечем.

"Глюки" материнок платформы Haswell это отказ портов USB 3.0 после выхода из сна. Но о глобальных масштабах этой проблемы я не слышал (без вашего напоминания я бы и не вспомнил), т. е. возможно что отказы могут происходить крайне редко; хотя главное то, что при наличии SSD загонять компьютер в сон просто нецелесообразно. Так что не переживайте.

Видеокарта останется ваша. 6-я серия у Гиги с моей стороны нареканий не заслуживает, а 650Ti это разумный выбор фотошопера.

Жёсткий диск хотелось бы включить в конфиг новый, ваш предлагаю оставить вторым по трём причинам:
а) не знаю, на сколько хватит его объёма с учётом того, что он уже сейчас чем-то занят;
б) рабочие файлы надо куда-то бэкапить, хотя бы особо важные;
в) у вас есть требование к минимуму шума, а HDD на 7200 об/мин для вас может быть не тихим (зависит исключительно от индивидуального восприятия), поэтому для него можно докупить внешний бокс и использовать как внешнее хранилище, заодно не будет привязки двух HDD к одному БП.

Кулер вы выбрали мало того что избыточно "мощный", так ещё и неоправданно дорогой и далеко не самый тихий: 1200 об/мин на минимуме для кулера на неразгоняемом процессоре это очень много. А в обзоре указано что у него вообще 3-pin коннектор плюс ручной регулятор, к которому для настройки придётся лезть внутрь системника - согласитесь, как-то совсем неудобно. Скорее всего ради понижения шума лучше взять Zalman CNPS10X Performa и поменять на нём вентилятор на что-то потише и покачественнее, но это надо ещё уместить в бюджет. Если не получится, то Thermalright True Spirit 120 или 120M с родным вентилятором.

Блок питания. Поскольку Hiper для меня "тёмная лошадка", пришлось гуглить: обзор на fcenter.ru и обзор на modlabs.net. Честно говоря, совсем не впечатлило. Если отбросить чисто технические нюансы, по которым замечаний тоже хватает (но тут главное то что БП у вас сейчас работает и видимых нареканий не вызывает), то 1000 об/мин вентилятора при старте, да в паре с видеокартой от Gigabyte, которая при старте тоже любит пошуршать вентилями (именно пошуршать, не потрещать или повыть) да в компании с раскруткой жёсткого диска на 7200 об/мин - и старт компа будет отчётливо слышен. В режиме простоя можно не переживать, вентили на ВК, БП и кулере сбросят обороты, скорее всего компа будет вообще не слышно. При нагрузке: Hiper M500 может отдать только 384W по 12V, но макс. потребление вашего нового конфига находится в пределах 300-350Вт, так что обороты вентиля БП будут около 1200-1300 об/мин - это уже с трудом подходит под определение "нормально", а для многих выше 800-1000 об/мин уже критично - опять же, индивидуальное восприятие, слух у всех разный; в подтверждение тому последний (на данный момент) отзыв в профильной теме: Блоки питания Hiper (+ FAQ на первой странице) #10329574 Но поскольку бюджет не резиновый, то пока не знаю, чему отдать предпочтение - новому жёсткому диску или новому блоку питания. Если есть соображения, то пожалуйста отпишитесь.

Корпус: Fractal Design Define Mini. Я бы даже сказал что без вариантов, потому что он компактен и имеет шумоизолирующую внутреннюю отделку. Либо поискать Antec Solo II, он хоть и ATX, но шумоизоляция у него лучше (двойные стенки вместо шумопрокладок) и высота небольшая, всего 440 мм (общие габариты 470 х 205 х 440 мм).

соглашусь с Вашим мнением, головная боль мне не нужна и похудание кошелька тоже) Этот момент принят.
вот тут я немного не понял. Вы имели ввиду технологии видеоядра в core i7? Или технологии в видеоядре видеокарты? Запутался я немного. По поводу материнки принял Ваш совет к сведению и 99% что так поступлю. Даже в недалеком будущем? Аудиокарта с hi-fi звуком разве что докупится попозже, но это мелочи.Ок.
В принципе да, была такая мысль, докупить новый hdd на 1Т, но из-за сборки другого конфига это не представлялось возможным и было отложено на другой срок. Имеющийся hdd 500Gb забит на 400.Принято, так и сделаю.К сожалению новый БП сейчас не потяну, если только в новом конфиге с учетом более дешевых компонентов не выйдет хороший денежный остаток.Корпус классный, но есть одно НО, дверца открывается не в ту сторону. Стол дома стоит в углу и полка для системника именно справа у стены. Вот если бы дверца открывалась в другую сторону, то выбрал бы именно его. А так склоняюсь к чему-нибудь без дверей или открывающимся в другую сторону. Хотя....обращаюсь к приводу или картридеру не так часто.... Задумался. Это самому сделать возможно?

С ssd и ОЗУ, посоветуйте неплохую модель на свой профессиональный взгляд.