Прога - это всего лишь ГУЙ. Собственно контроллер в водоблоке, но дело не в этом. Кто Вам мешает управлять кулерами при помощи МП. Помпа не управляется никак и абсолютно всё равно, чем управлять кулерами. Здесь никакой разницы с воздухом нет.

Там просто удобная система: как я понял, к помпе подключается 4 кулера. Это интересней чем лезть к конекторам материнки..

Да.
Я 4 не пробовал, за ненадобностью, 3х пиновые тоже. Могу от делать нечего попробовать будет там 4 независимых канала или нет и 3х пиновые.