Это и есть конденсаторы, позиционное обозначение Cxxx, а у диодов Dxxx.

Lublino
Зачем вам исследовать преобразователи питания? Там вы вряд ли найдете ответ на вопрос об определении подключения доп. питания .

Какие именно элементы проверять?
Сопротивления на дополнительных разъёмах между корпусом и +12 В разные, на одном 720 Ом на другом 925 Ом.

Lublino
Желательно пойти двумя путями - от светодиода и от сигнальных линий доп. разъемов (сигнальная линия - одна из линий, на которую подается извне GND, но с остальными контактами GND на плате она не должна быть связана, по ней определяется подключение доп. разъема).

От сигнальных линий доп. разъемов +12 В и извне GND, идут на сдвоенный компаратор LM393 http://lib.chipdip.ru/250/DOC000250782.pdf (U501)
На выходах LM393: ножка 1 - 0 В, ножка 7 - 0,3 В
Питание на LM393 приходит Vcc = 5 В (ножка 8)
Сколько должно быть на выходах LM393?

В зависимости от того, что на ее входах .

Замерил, странно, что между 3 и 5 ножках закоротка!

Без дополнительного питания (+12 В) на ножках LM393 следующее:
1 - 3.2 (Output A)
2 - 0 (Inverting input A)
3 - 12 (Input A)
4 - 0 (GND)
5 - 12 (Input B)
6 - 0 (Inverting input B)
7 - 0.3 (Output B)
8 - 12 (Vcc)

С дополнительным питанием (+12 В) на ножках LM393 следующее:
1 - 0 (Output A)
2 - 9.6 (Inverting input A)
3 - 4 (Input A)
4 - 0 (GND)
5 - 4 (Input B)
6 - 5 (Inverting input B)
7 - 0.4 (Output B)
8 - 12 (Vcc)

Ничего странного - схема такая, например .
А вот с компаратором B у вас какие-то странности - или подтяжки нет, или компаратор сдох. Поищите резистор подтяжки с выхода компаратора B на +3,3 В (аналогично должно быть и на компараторе A). +3,3 В по идее должны браться с разъема PCI-E, но могут и формироваться каким-нибудь линейным стабилизатором на самой видеокарте.

Если между 3 и 5 ножках закоротка, то карта должна работать и с одним дополнительным питанием, вот замерил:

С одним допольнительным питанием (+12 В) на ножках LM393 следующее:
1 - 0 (Output A)
2 - 7.4 (Inverting input A)
3 - 6 (Input A)
4 - 0 (GND)
5 - 6 (Input B)
6 - 5 (Inverting input B)
7 - 0.3 (Output B)
8 - 12 (Vcc)

С другим дополнительным питанием (+12 В) на ножках LM393 следующее:
1 - 0 (Output A)
2 - 6,9 (Inverting input A)
3 - 6 (Input A)
4 - 0 (GND)
5 - 6 (Input B)
6 - 2 (Inverting input B)
7 - 0.7 (Output B)
8 - 12 (Vcc)

Это зависит от схемы . Никто не запрещает контролировать наличие второго подключения другим способом.
Хотя я бы предложил просто отследить схему (в основном визуально, чтобы исключить возможность ошибок). Сейчас мы рассуждаем на базе измерения без опоры на отслеженную схему, как я понимаю.

На выходе компаратора B резистор показывает 1076 Ом (номинал 1 кОм, на нём написано 103)
На выходе компаратора А резистор показывает 4.7 кОм (на нём ничего не написано)
Сопротивления скорей всего в порядке, придётся выпаивать LM393

103 = 10 кОм.
Резисторы измеряли без выпаивания?

Резистор 103 (действительно 10*10^3) выпаял показал 9.89 кОм
Резистор 4.7 кОм не выпаивал, т.к. его номинал неизвестен
Выпаял компаратор, запаял другой, проверю уже только днём

C другим компаратором ситуация кардинально не изменилась, изменилось только это (несущественно):
Без дополнительного питания (+12 В) на ножках LM393 следующее:
1 - 3.2 (Output A) стало 3.3
7 - 0.3 (Output B) стало 0.7

С дополнительным питанием (+12 В) на ножках LM393 следующее:
7 - 0.4 (Output B) стало 0.3

Lublino
У компаратора B точно есть подтягивающий резистор?
Нарисуйте схему, если не трудно. Т.к. гадать мало толку.

Вспомнил про эту карту (залежи на полке )
Вот отрисовал:
#77

В точке соединения резисторов питание должно наличествовать - 3,3 В, например .
Еще раз укажите напряжения на входах компаратора B и на его выходе. И заодно Q505 проверьте - полевой ли это транзистор.

На транзисторе Q505 написано L SS (размер его ~3.5 мм), на фотке выделен синим:
#77

В точке соединения резисторов питание 1.55 В
После чего хотел проверить LM393, на LM393 коротнул 7-ую с 8 ножкой , сопротивление 7 ножки относительно корпуса стало = 22.3 Ом (LM393 видно под замену)
А транзистор Q505 скорей биполярник, выпаю отпишусь

Выпаял этот транзистор (Q505 L SS), один переход не прозванивается
Нашёл инфу про этот транзистор http://www.datasheetsite.com/extpdf.php ... BF770A.pdf
Получается, что это биполярник n-типа