В CIS-сканерах отсутствуют объектив и система зеркал. За счет этого существенно уменьшаются размеры и вес устройства. Источником света служит линейка светодиодов, а фотоэлементы плотно прилегают к стеклу. По сравнению с CCD-сканерами у CIS-сканеров на порядок меньшая глубина резкости, хуже различаются оттенки. Более того, динамический диапазон CIS-сканеров уменьшается на треть примерно через 500 часов работы сканера, а CCD-сканеры работают до 10000 часов без заметного ухудшения характеристик. Наиболее существенный аргумент в пользу CIS-сканеров — это их невысокая цена, которая объясняется относительной простотой изготовления.