Подсказите будет ли работать onboard sata controller быстрее чем приобретенный pci sasa controller??? если да тьо на сколько?

Даже если разница в скорости работы контроллеров и есть, она будет неразличима на фоне ограничения скорости механикой самого винчестера, в связи с чем СУЩЕСТВЕННОГО разрыва быстродействия винчестеров АТА-100 и САТА-150 не наблюдается при полуторакратном превосходстве в скорости последнего интерфейса.

Ограничения ПСИ шины - приблизительно 100 мег/с. ОнБоард может быть подключен через ПСИ, в этом случае разницы нет, одинаково хреново. А может через отдельную выделенную шину - в этом случае можно получить и больше 100 мег пропускной способности. Актуально это только для рейда, либо в случае когда на ПСИ висит гигабитная сеть, которая может быть реализована и чипом на мат плате.
Еще есть зависимость от контроллера, они себя не одинаково ведут.