При установке 98-й та требует поставиться на диск С. А у меня на С ХР-ка в NTFS. Так что из установки, 98-я не видит даже этого диска. Сейчас поменять букву диска нельзя- он системный. Не переставлять же все заново (сперва на С 98-ю, после на Д ХР). Что характерно, при установке ХР можно выбрать диск куда ставиться, при уст.. 98-й нет.
( У меня 3 диска с 98-й, на всех такая канитель)

Если у тебя все диски НТФС, то возьми самый бесполезный и отконвертируй в ФАТ. При запуске ДОС-а именно он и будет у тебя как "C:\". Абсолютно по барабану на каком разделе он будет, на основном или дополнительном. Тока потом boot.ini не забуть подправить.

Хелп почитай
там есть ключ устанавливающий выбор диска


а что все разделы в NTFS?

Не совсем понял в чем проблема.
Для установки нужен primary fat32 раздел, NTFS он естественно не видит и на логический диск не встанет.
Установи любой boot-менеджер. Я пользуюсь PQ Boot Magic, он позволяет для каждой системы(раздела) настроить видимость других разделов.
1. Ставишь boot magic
2. Создаешь/конвертируешь нужный раздел, делаешь его системным.
3. Переписываешь инсталяшку на этот раздел.
3. В Boot magic делаешь раздел загрузочным, грузишся с него и ставишь Вынь.

Винт один, а для 98 у меня диск D в FAT32. Нашел starboot попробую им.