Я испольую putty для коннекта с хостом(где лежит мой сайт). Подскажите терминальные комманды для него,чтобы можно было хотя бы лазить по акуанту. В nix системах не шарю. Или хотя бы дайте ссылочку, где можно подробно почитать об этом!

SSH лишь протокол связи, команды - обычная работа в UNIX. Бери любой справочник по *nix, благо и в магазинах их миллион, и вперед.

Добавлено спустя 3 минуты, 47 секунд:
cd dir - смена каталого
rm - удаление
ls - просмотр каталога, ls -a расширенная форма
cat file - просмотр файла
cp file1 file2 - копирование
Обычно есть ed или vi - текстовый редактор.
И сотни вариантов с перенаправлением, cat file >file2 - тоже самое копирование, справочник твое спасение )

Спасибо за совет, я так и сделаю!

Добавлено спустя 1 минуту, 48 секунд:
Спасибо за совет, я так и сделаю! А не подскажешь ли какую нибудь ссылку
в инете на литературу. Я искал через поисковик но нифера не нашёл!