В общем в играх видеокарта(r9 290) без проблем работает на частотах 1150/1550, никаких проблем ни разу не было.
А в 3DMark 2013 временами проскакивают артефакты, на 1115/1550 их нет.

В общем можно ли оставлять частоты(1150/1550) для игр(особо требовательных), на которых в 3DMark проскакивают артефакты? Может ли это отразиться на дальнейшей работе видеокарты или ничего страшного от этого не должно случиться, как считаете?

Можно. Самое страшное, что случится - комп повиснет в самый важный момент. Стоят ли эти 35мгц этого или нет - решать вам.
И есть ещё момент: иногда на границе стабильностьи наблюдал картину, что при повышении частоты производительность немного падала. Поэтому прогоните марк и убедитесь, что прирост действительно есть.