Во-первых (и самых главных) - емкость аккумулятора(ов) никоим образом не сказывается на работе генератора.
Байки о том, что генератор может зарядить 55-Амперную батарею и не сможет зарядить батарею 100-Амперную - всего лишь байки некомпетентных в электротехнике людей. Одно и тоже зарядное устройство может зарядить любую батарею - будь она 10 или 100 ампер - разница будет только во времени и токе зарядки. То же относится и к генератору. Ему по барабану, какой емкости стоит батарея, и он, к тому же практически никогда на максимальной мощности и не работает - он выдаёт только то, что нужно в данный момент времени потребителям. Ни больше, ни меньше. Для того в автомобиле и реле-регулятор стоит.
Во-вторых - вторая батарея как раз включается именно параллельно без всяких дополнительных устройств. Почему она не будет душить первую батарею я уже писал. И кто запрещает, кстати, пользоваться ими по очереди? Пока одна на зарядке - пользуйтесь другой.

Компьютерный БП в данном случае можно использовать лишь в режиме зарядного устройства. Для этого его нужно переделать, потому как весь ток, который он выдаёт на АКБ подать нельзя, дабы у неё не посыпались пластины (это раз ) и для зарядки ей нужно не менее 13,8 Вольт (это два ), а компьютерный БП выдает, как Вам известно, лишь 12 Вольт. А так, как Вы не

то и дальнейший разговор на эту тему беспредметен.
Не думаете же вы, в конце концов, что я буду здесь советовать Вам где и что перепаять в БП, чтобы он превратился в зарядное устройство? #77
Хотя там шибко сложного ничего и нет. Для меня, по крайней мере...