Никаких потерь, дискретный сата3 будет хуже, потеря линейного чтения на чипсетном сата2 - фигня, а вот потеря скорости случайного доступа и скорости чтения мелких блоков на дискретном контроллере практически гарантирована и это хуже.

На PCI-E 1.x да, на PCI-E 2.0 у человека было увеличение, если почитать ветку по SSD.

Добавлено спустя 7 минут 41 секунду:

Это как-нибудь влияет на производительность работы системы - скорость запуска программ, загрузка винды и пр.?

Скорость запуска уменьшиться не должна. Может просесть скорость записи, если записывать и стирать постоянно, не давая диску проводить отчистку. Но для этого нужно, например, полностью забить объем постоянно перезаписываемой базой данных, что для домашнего использования является маловероятным сценарием. Такой вариант вряд ли кто-то тестировал без трима, чтоб сказать, на сколько точно упадет скорость.

Возьмите ssd интел на 80 ГБ, очень приличная штука, есть автоматический трим в утилите под XP и скорость на максимуме 260, как раз под сата-2. Все проблемы сходу уйдут. И жить будет дольше и надежнее. У меня есть и тот и другой, на глаз разницу не уловить, только в тестах.

Да у меня 250 по чтению. В принципе так уже прикинул какие манипуляции в целом c SSD нужно делать и стоит ли заморачиваться в целом.
Так что САТА2 вряд ли менять буду, а насчет трима, то погуглю утилиты для хр, если засру диск, но это маловероятно, т.к. системная папка никогда больше 10 гигов не весила.