Во время работы южный мост издает какой-то шум похожий на дребезжание при этом светодиод над ним мигает в унисон этому шуму.Что это может быть?

посмотри в инструкции к мамке за что диод отвечает. Что-то мне подсказывает, что южный мост сам по себе шуметь не может Может это дроссели подсистемы питания памяти прямо над ним?

Диод отвечает за HDD.У меня подозрение что шум связан с работой жесткого диска.

Так может это и есть жесткий диск? Щелчки и тому подобное?

Езжай сюда, быстрее ответят: http://forums.overclockers.ru/viewtopic.php?f=1&t=335533&p=7458764#p7458764