Проблема заключается в следующем: системный блок начинает сильно шуметь(трещать) при снижении температуры в комнате, например, ночью и утром или иногда при проветривании комнаты. После выключения на некоторое время и повторном запуске шум понижается до нормального уровня.
В чём проблема и как исправлять?

ИМХО вентиляторы почистить или скорей всего заменить

Хм, скорее всего вентиляторы, не думаю, что это винт.
А что делать с ними отписал Anvin .

У меня так же было, виноват был вентилятор на видео.Пришлось поменять, смазка не помогла