Процессор - Intel® Core™ i5-4670K Processor (разгон до 4120MHz)
Материнская - плата Asus Z87M-Plus
Видеокарта - NVIDIA GeForce GTX 760 2gb ASUS
GPUZ показывает что поддерживается PCI-E2, в БИОСЕ тоже нет значения gen3, только авто, gen1, gen2.
Драйвера видеокарты последние, версия БИОС 1107 (последняя) Видеокарта вставлена в желтый (верхний) слот.

Почему нигде ни намека на PCI-E3? Ведь моя видеокарта и материнская плата поддерживают данную шину?

Centr Глюк, бывает. Советую не париться, для такой карты и первого хватит.

Centr попробуйте уберите разгон проца. Судя по частоте разгон идет по шине. У меня была Z87-C, при разгоне по шине видошку автоматом скидывало в gen2, однако вручную я могу вернуть в gen3...