Смысл кодировать видеокартой есть, если процессор слабый.
Вот результаты кодирования одного и того же файла на 2-х компьютерах в CyberLink MediaEspresso 6:

Intel Core 2 Duo E6700@2.66GHz + GeForce GTS450
CPU=30м 06сек.......................GPU=4м 10сек при кодировании видеокартой скорость выросла в 7,2 раза
Intel Core i7 920 2.66GHz + ATi Radeon HD5870
CPU=7м 20сек ..................GPU=5м 8сек при кодировании видеокартой скорость выросла в 1,42 раза

Рена, AMD хуже заточены под кодирование видео, точнее попросту CUDA имеет более широкие возможности и поддержку. Если бы файл кодировался на i7 920 + GTS 450, то итоговый результат был бы около 3 минут. От мощности Nvidia'вской видеокарты мало что зависит, разница между GTX 260 и GTX 470 процентов 10-15.