На компе устоновлены две ОС, причем каждая на отдельном физическом диске, после форматирования одного диска, и загрузке компа с друго диска, также выводится выбор загрузки ОС, как убрать....

так полагаю стандартный виндовый загрузчик. редактируем boot.ini, либо в свойствах "моего компьютера" в разделе "загрузка и восстановление" отключаем "отображать список операционных систем" (если по умолчанию исползуемая, если - нет, то сначала выбрать нужную).