В системе 2 HDD, на один из них поставлен Windows 8, при извлечении HDD (помойка) виндовс не загружается, пишут что то там про отсутствие файла или что то подобное.
Как это исправить? И вообще не понимаю почему при извлечении помойки виндовс не загружается.
Так же заметил что винда постоянно "насилует" 2рой хард, хотя кроме мусора там ничего нет. Можно как то выключать хард из под виндовса?

Переустанавливай Винду с одним хардом, потом добавь второй.

А менее радикальные способы есть?

если бы это была 7, то можно было бы легко и просто сделать восстановление загрузочного сектора. а с 8 - хз, че там.

Перенести загрузочный раздел на другой диск, прописать загрузку с него. Но у тебя W8, а это большая проблема

Это делается с помощью BCDedit, он в 7 и 8 одинаковый.